Además de estos personajes de apoyo, a lo largo de la aventura, y tras completar ciertas misiones en los tres actos de los que se compone Dungeon Siege: Throne of Agony, podremos acceder a nuevos compañeros como Taar, una druida de la isla de Greilyn, que emplea poderes de la naturaleza para realizar ataques o conjuros curativos/apoyo. La princesa Evangelina nos prestará su ayuda en el segundo acto, tras volver a Puerto Marino, y hablar con los dos peculiares ancianos que en principio no habían llamado nuestra atención. Por último contaremos con la ayuda de Osis, un semigigante.
En cualquier momento podremos cambiar de personaje de apoyo, quien poseerá una barra de vida y experiencia propias. Podremos mejorar diversos parámetros previo pago de una importante suma de dinero, así como tras conseguir subirle de nivel. SuperVillain Studios ha tratado de equilibrar los equipos formados por personaje más apoyo, para tratar de evitar desequilibrios, aunque la IA del compañero no esté demasiado evolucionada, y normalmente se sacrifiquen sin defenderse o protegerse para evitar muertes innecesarias, algo que nos costará dinero, o bien usar el Ankh, para resucitarles.
El desarrollo de Dungeon Siege: Throne of Agony es bastante clásico dentro del género. Disponemos de un mapa general desde el que iremos accediendo a ubicaciones independientes donde entraremos en acción y podremos avanzar en el desarrollo de las misiones principales y secundarias del título. Se nos encargarán una serie de misiones de carácter lineal que nos obligarán a localizar ciertas ubicaciones, introducirnos en la mazmorra y acabar con una serie de enemigos, para luego volver hacia el personaje que nos encomendó la tarea, y recibir la recompensa. De este modo podríamos definir a Throne of Agony como un hack'n'slash, Dungeon RPG o pasaniveles, en el que toda la importancia recaerá en la evolución y equipamiento del personaje, así como en la limpieza étnica de cada uno de los grupos de enemigos de cada mazmorra.
El juego está dividido en tres actos, que nos permitirán avanzar en nuestro camino hacia el norte, y acceder a nuevas zonas, con una cantidad más que decente de misiones que nos irán encargando los personajes de la zona central de descanso, Puerto Marino en el primer acto, donde encontraremos tiendas de pociones, armas, al encargado de instruir o resucitar a los aliados, e incluso a potenciales aliados, que se unirán a nuestro equipo tras cumplir una sencilla misión.
El juego posee una perspectiva elevada que nos muestra la acción de forma detallada. Dispondremos del clásico mapeado que nos muestra la configuración de la mazmorra, detallando nuestra posición, la del compañero, enemigos, así como los tesoros que suelten los enemigos al morir, o los puntos donde podremos consultar tomos que explican la historia del juego. Antes de cada acto podremos ver una peculiar secuencia animada a través de imágenes estáticas, de un diseño no demasiado habitual en el género, que nos van desgranando poco a poco el devenir de esta historia. El juego comienza con una secuencia FMV que habla del Cataclismo ocurrido tras la caída de Zaromoth, con el terrible enfrentamiento entre la espada más fuerte del mundo, y el escudo más resistente de la tierra.
Tanto mediante diálogos con diferentes personajes cruciales en la aventura, como a través de algunos tomos olvidados, iremos conociendo el pasado reciente de nuestro mundo, el misterio del anterior Cataclismo, el origen de las antiguas deidades, y los motivos por los que los Vágaros están tan enloquecidos. Se trata de una historia bastante entretenida, que avanza de forma irregular, pero que dispone de interesantes giros, aunque que no ofrece suficientes ingredientes como para motivar por sí sola el deseo de progresar por el título.
Como buen Dungeon RPG, este título pone un énfasis especial en el sistema de habilidades, la evolución del personaje, así como en el inventario. Dependiendo del personaje escogido dispondremos de una serie de Clases de Personaje accesibles al llegar a hitos como nivel 30 o 60 de personaje, y que modifican nuestra orientación. Con cada nivel de experiencia superado, podremos destinar tres puntos a parámetros como resistencia, fuerza, agilidad, etc., que influyen en el tamaño de nuestra barra de vida, en la fuerza de nuestros ataques físicos, el potencial mágico, la cantidad de objetos que podemos acarrear, etc. Además, podremos destinar tres puntos a las habilidades que tengamos desbloqueados, algo que dependerá del nivel de personaje, sin ramificaciones como podríamos encontrar en Diablo II.