No podemos decir que el sistema de juego de Final Fantasy IX fuese una novedad. En realidad, dicho sistema es rescatado de la quinta entrega de la serie en lo que respecta a los
jobs. Algo no tan descabellado, tratándose de una entrega que busca, sobre todo, ser una especie de homenaje a la serie.
El sistema de control es bastante sencillo. La X nos sirve para hablar con la gente o seleccionar opciones, el O para cancelar opciones, el botón Cuadrado servirá para comenzar a jugar al Tetra Master (un minijuego de cartas parecido en apariencia al que ya vimos en Final Fantasy 8, el Triple Triad) y el Triangulo abrirá el menu del juego. Start pondrá el juego en Pausa y select nos detallará la información de los menús. Nos moveremos con el Stick Izquierdo o el pad de control. Aunque hay situaciones en las que los controles pueden cambiar, básicamente son esos siempre. Esta es la configuración estándar pero es totalmente modificable desde el menú de Opciones.
El sistema de batalla es más simple aún que el de control, pero posee alguna que otra pega. Por ejemplo, como los personajes se disipan en "trabajos", habrá que pensar muy bien a quien debemos poner en el equipo de combate activo, compuesto por cuatro personajes. Esta elección no sería más que meramente anecdótica de no ser por que algunos de los personajes están provistos de habilidades "compartidas" (como Vivi y Steiner), algo que sin lugar a dudas ofrece un toque estratégico al título.
Como acabamos de comentar, los combates se desarrollarán en batallas de cuatro personajes. Cada uno de ellos posee cuatro comandos, dos propios (magia negra y acumular tratándose de Vivi, por ejemplo) y dos comunes con el resto de personajes (atacar y objeto). Además de estos comandos, cuando la barra de "carga" situada debajo de la de vitalidad llegue a tope nuestro personaje entrará en
Trance, una habilidad muy poderosa (que no es en absoluto nueva en la serie) que hace que nuestros personajes sean capaces de ejecutar acciones que en modo "normal" no podrían. Por ejemplo, el Trance de Yitan elevará su poder físico, mientras el de Daga la permitirá lanzar dos magias con el coste de PM´s de una sola.
Tras finalizar cada combate los personajes serán premiados, además de con experiencia y (eventualmente) objetos, con PH (Puntos de Habilidad -hability points-). Con estos iremos aprendiendo las habilidades que nos ofrecerán los items que tengamos equipados, para llegar a un modo "maestro" que nos permitirá utilizar las habilidades sin necesidad de portar dicho ítem. Nos explicamos, que puede resultar confuso. Pongamos que tenemos una Espada y se la equipamos a Steiner. Dicha arma posee unas habilidades "a aprender", por ejemplo Sable Ardiente. Dicha habilidad necesitará para ser aprendida un número exacto de PH, ¿dónde lo obtenemos? Ganando batallas.