La jugabilidad de esta aventura se reduce a una palabra, Scumm, o lo que es lo mismo, Script Creation Utility for Maniac Mansion, un interfaz que dispone un total de cuatro elementos en pantalla. Por un lado una amplia ventana, que ocupa dos tercios de la pantalla y está situada en la parte superior, en ella transcurre la acción del juego; en segundo lugar nos encontramos, en la parte inferior de la pantalla, alineados de izquierda a derecha, todos los comandos que se necesitarán para el control del personaje -los ya clásicos Mirar, Ir, Abrir, Coger, Hablar...-; algo más abajo y situados de forma similar está el inventario, que incluye todos los objetos que se recogen durante el juego y que serán utilizados para resolver los puzzles incluidos en el mismo. Por último, separando la ventana del juego del los comandos y el inventario, se encuentra la línea de comandos, donde irán apareciendo las posibles acciones a ejecutar conforme se interactúe con cualquiera de estos tres elementos.
Con este simple, a la vez que sencillo y efectivo método, bastará el movimiento del ratón y el uso de sólo uno de sus botones, para controlar a la perfección el discurrir del personaje por la aventura. No obstante, el Scumm incluido en Indiana Jones and the Last Crusade no estaba perfeccionado del todo y, por ejemplo, hacía menos llevadera la exploración de los escenarios. Este aspecto, uno de los más importantes en este tipo de juegos, se veía dificultado por un hecho ciertamente importante: Los objetos del escenario sobre los que se permitía interactuar no eran identificados con solo pasar el puntero del ratón sobre ellos, cosa que sí ocurría con otras aventuras gráficas lanzadas con posterioridad; esto forzaba al jugador a escudriñar minuciosamente la pantalla en busca de algún ítem que le permitiera solventar esa situación que le traía de cabeza, con el consiguiente cansancio que esto conllevaba. Este defecto fue paliado en parte gracias a la inclusión del comando Qué es, que identificaba los objetos aunque igualmente obligaba al jugador a estar pulsando sobre él constantemente.
Dada la cantidad de comandos existentes -alguno de ellos usado en contadas ocasiones-, los programadores tuvieron a bien permitir el uso del teclado como atajo para seleccionar los diferentes comandos, por lo que, con algo de práctica, el juego se tornaba más dinámico si se controlaba con ambas manos combinando el uso del ratón con las teclas asignadas a los comandos más usuales, casi como si se estuviese jugando a un Shooter de acción en primera persona. Por otra parte, éste no era el único momento en el que el uso del teclado tenía su razón de ser, pues la dificultad de adaptar el ratón al control del personaje durante los combates de boxeo obligó a los programadores a recurrir al teclado numérico como solución más sencilla.
Técnicamente el juego fue uno de los mejores de la época, sobre todo la versión utilizada para este análisis, que hacía un magnífico uso de la paleta de colores. En general, los escenarios, eran bastante variados y resultaban fieles a los vistos en la película dentro de las posibilidades con las que contaban los programadores por aquel entonces. Aunque, eso sí, tenían como nota negativa el claro contraste entre las primeras localizaciones, llenas de objetos o personajes secundarios, y las últimas, muy vacías, más propias de un juego para ordenadores de ocho bits que de una aventura gráfica de principios de los noveta -sirva como ejemplo cualquier estancia del castillo de Brunwald-.
Como todo juego inspirado en una película con banda sonora del maestro John Williams, el apartado sonoro era realmente delicioso. Quizás lo más destacado fuese el trabajo de Michael Z. Land -responsable de la mayoría de melodías de las grandes aventuras gráficas de Lucas- al adaptar perfectamente la música de la película, que lamentablemente sólo hacía acto de presencia en algunos momentos del juego muy puntuales. En ese sentido se echa de menos el empleo continuado de la misma que sí tuvieron otros representantes del género con el uso del iMuse. Ocurría lo mismo con los efectos de sonido, que a pesar de que fueron grandes en su momento, no jugaban un papel demasiado importante en el desarrollo del juego.
Como nota positiva su gran compatibilidad -al menos en esta versión- con la mayoría de tarjetas de sonido existentes en la época, algo raro de ver dado que no se adoptó un estándar definitivo hasta la eclosión de Creative y su gama Sound Blaster 16.
Terminando ya el análisis del juego comentar que Indiana Jones and the Last Crusade no es, en esencia, una de las mejores aventuras gráficas -para muchos ni siquiera un representante legítimo del género- de la compañía, aunque no por su falta de calidad sino más bien por estar uno o dos peldaños por detrás de un grupo de juegos considerados auténticos imprescindibles en la industria. Un título que en definitiva aporta una grata experiencia jugable, resulta divertido y añade otros elementos interesantes que aunque lo alejen del género han sido incluidos para dar cierta consistencia y homogeneidad a la aventura.