El modo principal de juego de Justice League Heroes implica una sucesión de misiones en escenarios tan variados como Metropolis, instalaciones científicas, la superficie de Marte, suburbanos, junglas, sin poder salirnos prácticamente de lo que nos marca el título respecto a elección de personajes, objetivos, etc. Como hemos comentado anteriormente, afrontaremos por parejas los diferentes niveles, con una selección predeterminada de héroes, que por otra parte suele ser necesaria ante el diseño específico de algunas dificultades que sólo un héroe puede afrontar con garantías.
El control del personaje se realizará con el stick analógico, mientras que la CPU manejará al segundo jugador. Podremos modificar el comportamiento de la IA de la CPU con las direcciones derecha, izquierda y abajo del pad digital, que hacen que nuestro compañero sea más defensivo, ofensivo o equilibrado. Para cambiar de personaje deberemos pulsar arriba en la cruceta digital.
Con el botón triángulo saltaremos, dos pulsaciones consecutivas de este botón permitirán que nuestro personaje ruede, o vuele, si posee ese superpoder. El botón cuadrado servirá para interactuar con ciertos objetos, como elementos destructibles de los escenarios, que en función de la fuerza del personaje activo, podremos coger y emplear como arma. Coches, sillas, farolas, mesas, partes metálicas de ciertas construcciones, cubos de basura, podrán ser lanzados o utilizados unas cuantas ocasiones hasta que se rompan. También podremos pasar a los siguientes pisos o zonas de las mazmorras con el botón cuadrado, así como interactuar con terminales de control de diversos ordenadores.
Círculo y aspa serán los golpes estándar de nuestro personaje, de diferente fuerza. Podremos combinar la pulsación de ambos para realizar algunos combos, que rellenarán una barra de heroísmo, dividida en cinco segmentos, y que nos dará acceso a unos poderes especiales, que desencadenaremos pulsando L más R. Esta barra se rellenará mientras acumulemos impactos físicos o combos, aunque por el contrario, se vaciará rápidamente en cuanto no estemos combatiendo. El botón R se empleará para protegernos, aunque no funcionará contra todos los ataques, mientras que al pulsar L aparecerá en la parte inferior derecha de la pantalla los accesos directos a ciertos superpoderes activos, que requerirán la pulsación de L más cualquiera de los botones frontales, más el mencionado ataque heroíco, L más R.
El uso de estos poderes mágicos empleará la barra de magia azul, que se recargará automáticamente, al pasar el tiempo, con una velocidad que dependerá de nuestro nivel en este apartado, o al recoger ciertos objetos recuperadores que se usarán automáticamente, sin poder almacenarse. También podremos recuperar vida de idéntica forma, bien con unos objetos que soltarán ciertos enemigos, o automáticamente.
Al golpear y acabar con los enemigos, obtendremos unas esferas verdes que marcan los puntos de experiencia que vamos acumulando, y que nos permitirán subir de nivel. La barra de experiencia es el círculo que veremos alrededor del retrato del personaje. También podremos obtener unos escudos especiales, que aparecerán además ocultos por el escenario, o tras salvar a ciertos ciudadanos y científicos, y que será la moneda de cambio que emplearemos para conseguir extras como nuevos personajes, para las misiones que permitan seleccionar libremente los superhéroes, así como trajes adicionales para los personajes. Estos trajes alternativos no son sólo una cuestión meramente estética, si no que afectarán a ciertos parámetros de los héroes como la regeneración de vida y magia.
También podremos recoger unas esferas que modifican la potencia, duración, alcance, suerte del personaje, pudiendo mezclarlas entre sí para obtener versiones más poderosas, aunque para ello tengamos que usar tres de las mismas.
Cuando subamos de nivel, podremos emplear los puntos obtenidos en mejorar el nivel de nuestro personaje en diferentes habilidades o superpoderes, un aspecto bastante clásico en este tipo de títulos, aunque sin un árbol que vaya ofreciendo nuevas habilidades ramificadas. Dispondremos de hasta cinco niveles para cada habilidad, y dentro de los indicadores circulares de cada nivel, es donde podremos insertar una de las esferas que modifican el mencionado ataque. Dispondremos también de las habilidades de combate, salud, recuperación mágica y recuperación de salud, que amplían nuestro daño en combate, nuestra vida, así como el ritmo al que se regeneran las barras de magia y salud.
No existen en este título ni pociones curativas que podamos almacenar, ni pociones de maná, ni dispondremos de armas o equipamiento, aunque indirectamente podamos modificar estos parámetros con los trajes desbloqueables.
El mapa transparente para orientarnos por los niveles y mazmorras, será accesible al pulsar R más Select, y extrañamente desaparecerá cada vez que entremos en un nivel o accedamos a las pantallas de menú con Select, donde veremos la ficha de personaje, las habilidades, la mezcla de esferas, o la cantidad de escudos que hemos recogido, además del listado de extras que podemos desbloquear, así como su coste.
Salvaremos en los diferentes pilares de guardado que iremos encontrando dispersos por el escenario. Si uno de los personajes muere, tomaremos automáticamente el control del segundo, y podremos dirigirnos a toda pastilla a un punto de salvado para que resucite automáticamente.
