El título permite dar órdenes a varios Mini Mario que se encuentren próximos, trazando una línea que abarque a todos. El diseño de los niveles dispersa bastante a los Mini Mario, por lo que deberemos reunirlos en el orden óptimo, es decir el Mini Mario dorado el último, haciendo que se encuentren bastante pegados, de forma que entren en meta de forma continua. Tendremos que lidiar con cada Mini Mario con las diversas dificultades del entorno, de cara a reunirlos y hacerlos avanzar hacia la meta. Como os hemos comentado, conforme vayamos avanzando por los niveles y mundos, se introducirán de forma constante, nuevas dificultades, enemigos, que consiguen eliminar la sensación de repetición y tedio.
El uso de los bloques rosados que podremos trasladar para crear puentes, taponar la línea de disparo de las plantas piraña, o incluso abrir y cerrar muros, el uso de trampolines para llegar a distancias más alejadas o elevadas, inaccesibles para la limitada potencia de salto de los Mini Mario, las cintas transportadoras, sobre las que podremos incidir en su dirección, los ascensores de capacidad limitada, los interruptores que abren los muros de diferentes colores, las tuberías giratorias, las válvulas de agua, los flotadores móviles, las botas magnéticas, el uso de las barras de equilibrios, las clásicas plataformas Donut, las erupciones volcánicas, el empleo del salto rebotante, son algunos ejemplos de las acciones a realizar.
Las clásicas plataformas móviles sobre raíles que pudiéramos ver por ejemplo en Super Mario World, también aparecerán en este juego. De igual forma veremos contrapesos con poleas, que en función de la distribución de Mini Marios, posibilitarán llegar a diferentes alturas. Aparecerán unos Phantom Guys, versiones fantasmagóricas de los Shy Guys que se moverán formando diversas clases de escalera, que podremos fijar pulsando un interruptor rojo.
El uso de bloques de planta de fuego para lanzar temporalmente proyectiles, conseguir el martillo que permite machacar a los enemigos a nuestro paso, aprovechar la interacción con diferentes Donkey Kong mecánicos, bien por sus corbatas, para colgarnos y atravesar precipicios, bien para que nos lance por los aires, aprovechar la inmunidad ante pinchos o las capacidades de nadar de algunos enemigos para atravesar ciertas superficies, serán otras de las posibilidades a nuestro alcance. Los Mini Mario no deberán caer desde grandes alturas, ni al agua, lava, chocar contra ciertos enemigos, ya que desaparecerán de la pantalla, y será casi obligado reiniciar el nivel para disponer de más oportunidades de cara al enfrentamiento final de cada mundo.
La curva de dificultad será moderadamente exigente, en las fases más avanzadas, que contendrán gran cantidad de elementos jugables, dispondremos de más Mini Mario a los que cuidar y dirigir, lo que unido al más que decente tamaño de las fases, siempre dentro del enfoque que dispone el juego, nos hace tener que estar de un lado para el otro de la fase, utilizando las flechas de visión. Lo más inteligente será estudiar el nivel antes de comenzar a mover a los Mini Mario, ya que en el momento en que movamos a uno, comienza la cuenta atrás para concluir el nivel.
Los enfrentamientos contra Donkey Kong, excepto los de la azotea y el sótano secreto, poseen una mecánica común, aunque con aumento de las dificultades. Con un planteamiento que podríamos considerar heredado en cierta forma de los Puzzle Bobble, dispondremos de un cañón rotatorio, con una especie de timón, en la parte inferior de la pantalla, mientras que Donkey Kong aparecerá y desaparecerá en varias ubicaciones distintas de la pantalla superior. Deberemos apañárnoslas para golpear en sucesivas ocasiones al simio enloquecido, evitando cualquier zona del escenario que pueda dañarnos, así como los disparos del Kong. Si erramos el tiro, pero el Mini Mario no resulta dañado, continuará estando en nuestra reserva, aunque por el contrario, si es golpeado, bien por el cañón, o al dispararle, perderemos ese proyectil.
Al derrotar a Donkey Kong en cada nivel, obtendremos el pase a la siguiente planta, así como diversos elementos para aumentar la variedad de construcciones temáticas del editor de niveles.
