Como ocurre en la totalidad de juegos del género, nuestros personajes dispondrán de dos barras de enegía principales, la de salud, y la de energía, que se empleará para realizar los poderes especiales disponibles en ese momento. Podremos recuperar energía de ambas barras recogiendo los orbes azules y rojos que soltarán los enemigos derrotados. Estos orbes se destinarán directamente al personaje que más los necesite, y si tuviéramos toda la energía repleta, se transformarán en puntos de experiencia que nos permiten subir de nivel y gastar una serie de puntos en diferentes parámetros de los personajes. Como hemos mencionado anteriormente, dentro de algunos de los elementos del escenario también podremos encontrar orbes, así que no será mala idea romper todo lo que esté a nuestro alcance.
El control simultáneo de cuatro héroes nos permite realizar ciertas acciones estratégicas combinando los superpoderes del equipo. De esta forma, además de poder acceder a los ataques especiales individuales de cada miembro, podremos usar las órdenes de equipo, accesibles mediante el botón 2 del Wiimote para cambiar la IA de los personajes no controlables, haciéndolos más agresivos, defensivos, o para que ataquen a los enemigos más cercanos. Si conseguimos combinar dos ataques especiales sobre un enemigo, obtendremos daños adicionales. Estos superpoderes, accesibles mediante el botón B y movimientos del Wiimote, como levantar, bajar, agitar, golpear o empujar, servirán como modificadores de nuestros parámetros, así como para realizar ataques devastadores, como el lanzamiento de escudo del Capitán América. Inicialmente tendremos sólo uno activo.
Hemos mencionado que además de los orbes podremos recoger unas monedas, créditos S.H.I.E.L.D., que podremos emplear para mejorar los uniformes de los personajes. Al entrar en la pantalla de gestión de héroes podremos utilizar los puntos de subida de nivel para mejorar alguno de los parámetros de los personajes, pudiendo dejar que la CPU realice esta tarea de forma automática al pulsar el botón C, si no queremos complicarnos en exceso. También podremos aumentar uno de los poderes de los luchadores, modificar los uniformes de los personajes, bien mediante los créditos S.H.I.E.L.D., bien al desbloquear nuevos uniformes a lo largo del desarrollo del juego, o incluso equipando objetos que obtendremos de los enemigos caídos, aunque este caso limitados a un accesorio simultáneo.
Además de estos parámetros individuales, podremos mejorar nuestra reputación y obtener bonificaciones especiales al ir completando las tareas que se nos vayan encargando, pudiendo modificar el nombre del equipo, su logotipo, e incluso la alineación. Dentro de algunos de los puntos de los escenarios, podremos salvar la partida, e incluso cambiar alguno de los integrantes del equipo, esta última acción modificará completamente el equipo de superhéroes activo, de esta forma perderemos puntos de prestigio, y contará como un equipo diferente a la hora de las mencionadas mejoras.
Dispersos por los escenarios encontraremos unos discos S.H.I.E.L.D. Simulator, que nos permitirán vivir alguno de los momentos más representativos de la historia de cada superhéroe, participando directamente en ellos, para lo cual deberemos detener la partida actual y entrar en el simulador.
El acceso al multijugador es bien simple, y en cualquier momento de la partida podrá unirse un amigo para controlar directamente a uno de los cuatro personajes, colocándose en cada una de las esquinas de la pantalla el icono del personaje y sus barras semicirculares de energía y vida. Siempre que se una un jugador podremos escoger entre el modo cooperativo, jugar la aventura principal contra Doom, o Modo Arcade, donde también contará el daño causado por cada héroe para discernir quien ha sido el más valioso al final del nivel, obteniendo bonificaciones especiales tras cada misión. Lamentablemente no disponemos de multijugador online, de nuevo por el retraso en los kits de desarrollo online, quedando mermadas las posibilidades respecto a otras versiones de la pasada generación.
El desarrollo de los combates varía drásticamente en función de si luchamos con enemigos estándar, enemigos especiales, identificados por un anillo brillante en sus pies, quienes poseen poderes especiales, así como indudablemente en las luchas contra los jefes, como Bullseye, Winter Soldier, o Scorpion, que serán algunos de los primeros que tendremos que derrotar. De nada servirá atacar a lo loco, ya que pronto perderíamos integrantes del equipo, debiendo cuidar muy, mucho nuestros movimientos. Habrá que examinar el entorno, y principalmente conseguir atacar de forma sincronizada, ya que como hemos mencionado anteriormente, el hecho de que podamos controlar cuatro personajes simultáneamente no es gratuito.
