Inexplicablemente el Biometal Modelo A encuentra en Grey a su objetivo, más por cuestiones de supervivencia propia, y comienza una trama en la que todos los Megaman pugnan por un modelo especial de Biometal reservado para el elegido. Como ocurriera en Los Inmortales de Christopher Lambert, todos los Megaman están modificados para luchar contra sí y hacerse con la posesión del Biometal W, convirtiéndose en los auténticos reyes del mundo. Grey resulta bastante más íntegro que los otros Megaman, y sólo lucha por la justicia, y por descubrir su propio pasado, un elemento que da bastante juego en la interesantísima trama del título.

Si escogemos jugar con Ashe nos encontramos ante una cazarrecompensas que se encuentra desbordada por el ataque de dos potentes Megaman: Prometheus y Pandora, que salva milagrosamente la vida gracias a los Hunter. Al igual que Grey la encontramos en una misión de traslado a Legión del Biometal modelo A, y tras el ataque de los Megaman convertida gracias a la megafusión en un Megaman. Menos altruista que Grey, finalmente también se ve obligada a luchar por la justicia, y a desvelar los misterios de su pasado.

Tanto Grey como Ashe, gracias a la posesión del Biometal modelo A, son capaces de copiar poderes de Megaman derrotados, pudiendo transformarse físicamente y adquirir sus poderes. Dirigidos por los incorruptibles Master Albert, Master Thomas y Master Mikhail, los integrantes de la Sabia Trinidad de Legion, tenemos que afrontar a Prometheus, Pandora, Aeolus, Atlas, Siarnaq, y Thetis, entre otros. Además contamos con la amenaza mecánica de los Pseurodoids, que tras ser derrotados también nos brindan nuevas habilidades. Buckfire, Queenbee, Rospark, Hedgeshock, Chronosforce, Bifrost, Vulturon y Argoyle/Ugoyle completan la amplia nómina de personajes A-Transables, es decir, versiones alternativas en la que nos podemos transformar.

Cada personaje A-Transable dispone de peculiaridades de movimiento, por ejemplo Rospark el Floroid puede agarrarse a tuberías y trepar, o superar zonas donde el progreso se puede realizar únicamente empleando sus accesorios liana. Además del tipo de ataque elemental, que puede afectar a diversos cierres electrónicos, encontramos habilidades como ataques en carga específicos, disparos verticales, vuelos temporales, congelación o alteración del tiempo, mejora de maniobras aéreas, posibilidad de nadar, radares que localizan objetos, visión nocturna indispensables para progresar por los escenarios.

Cada personaje dispone de peculiaridades que se nos explican tras obtener la forma A-Transable, y que podemos consultar en la pantalla de perfil. Arma principal, habilidad secundaria, y poderes especiales del Biometal. Se nos permite transformarnos rápidamente al pulsar el icono correspondiente en la pantalla táctil, o bien escoger al pulsar X y seleccionar la forma deseada. De esta forma los puzles y dificultades ambientales, e incluso las tácticas a afrontar ante diversos combates, nos exigen escoger sabiamente el Megaman o Pseurodoid en el que queremos transfomarnos.

La mayoría de las habilidades especiales, ataques en carga, poderes de Biometal, consumen energía de Biometal, mostrada a la derecha de la barra de vida. Disponemos de objetos dispersos por los escenarios que recargan la vida, mientras que el Biometal se regenera automáticamente. También encontramos más o menos ocultos E-Crystals que podemos emplear para sufragar los gastos de excavación de las ruinas en la base Hunter, o para adquirir diversos objetos, o acceder a servicios como el teletransporte a la base Hunter desde Legión. A excepción del modo Novato, la activación de los terminales de teletransporte requiere de pago en E-Crystals.

Inicialmente son bastante escasos los lugares a donde podemos viajar, conectados físicamente por rutas continuas. Conforme avanzamos argumentalmente y obtenemos nuevos poderes se nos ofrecen nuevos destinos, así como las habilidades necesarias para desbloquear rutas alternativas dentro de escenarios como la base Hunter, o revisitando escenarios ya superados. Para facilitar la navegación y evitar tener que estar constantemente de un lado al otro, podemos activar unos Transervidores que nos llevan a cualquiera de los puestos ya activados. En el mapa general se nos muestra el destino al que debemos llegar, para evitar que nos perdamos, aunque muchas veces el avance no será lineal al tener que afrontar la obtención de la habilidad X necesaria para superar un puzle determinado. A este respecto debemos mencionar que tanto el diseño cada vez más laberíntico de niveles, como los cierres que requieren un disparo en concreto, o la cada vez mayor ausencia de pistas, puede llegar a causar que en una aventura de este tipo se produzcan atascos. Resulta totalmente recomendable probar los poderes de los Biometal y Pseurodoids disponibles para tratar de progresar.