Otro añadido es el cuidado de la salud. Esta vez nuestra salud podrá recuperarse mediante los escasos medicamentos "pro vida" que encontraremos (similares a las raciones de los anteriores juegos en su funcionamiento), pero con frecuencia el jugador se servirá del modo de recuperación diseñado para el juego: dispondremos de una barra de energía que deberemos mantener alta, pues de ella dependerá la velocidad a la que suba nuestra barra de salud, que irá aumentando paulatinamente después de que nos produzcan heridas. Si se acaba la barra de energía, caeremos exhaustos, y será el final del juego. Para mantener alta nuestra barra, tendremos que depender de los alimentos que encontremos por el camino, algunos directamente empaquetados (sopas de fideos, raciones rusas...) y otros carne de animales que deberemos cazar por el bosque. Sobra decir que el animal más frecuente es la serpiente.

Al cuidado de nuestra salud se pone también el uso de técnicas de supervivencia para tratar heridas. La salud máxima de Snake descenderá si estamos heridos, tenemos alguna hemorragia o hueso roto. A pesar de que el tratado de hemorragias ya se tocó en la segunda entrega, aquí se lleva más allá: dispondremos en el menú de la opción de cura, que abrirá un menú en que se señalarán nuestras heridas. Dispondremos de diversos objetos para curarnos: pastillas, desinfectantes, suturas, vendas, etc. Deberemos aplicar, según el tipo de herida, un tratamiento u otro. Esto a veces llega a hacerse molesto, pues nos obliga a abrir el menú y efectuar curas cada vez que recibimos heridas importantes, algo bastante común en el combate contra los jefes.

Finalmente, los objetos disponibles no traen excesivas novedades: contaremos con las típicas cajas, gafas de visión nocturna, prismáticos, etc. Sin embargo, el hecho de que el radar haya desaparecido en esta entrega nos obliga a depender de diversos tipos de sensores, que sin embargo gastan pilas, lo que nos obliga a usarlos con cuidado. Algunos de los nuevos añadidos más destacables son cosas como trampas para cazar ratones para comida, o una pastilla para fingir una muerte y engañar a los enemigos.

Como nota, cabe añadir que dispondremos de interesantes modos de juego a parte del principal. Uno será Ape VS Snake, donde Snake deberá ir rescatando a los monos de Ape Escape, que se han perdido por la jungla. Los otros, desbloqueados tras acabar el juego, nos permiten ver las escenas de vídeo permitiéndonos elegir la ropa de Snake o revivir los combates contra los jefes.