Con todo esto, los puzzles cobran mayor importancia en el desarrollo del juego. Como sucedía con la primera entrega, aquellos que esperen un shooter estarán terriblemente equivocados. Estamos ante una aventura donde la base es la investigación, exploración y el ingenio de los puzzles. El poder avanzar depende siempre de las habilidades de las que dispongamos, y como es habitual en la saga (tanto la 2D como la 3D), no son pocas las veces que llegaremos a algún punto por donde no podamos continuar por no tener la habilidad necesaria para ello. Esto nos obliga a dar la vuelta y a continuar por otro lado, pues la libertad de movimientos y la amplitud de los mapeados sigue siendo uno de los factores importantes. La inteligente construcción de los escenarios está minuciosamente estudiada para que ellos mismos sirvan de guía durante nuestro avance, sin necesidad de tener pistas de hacia donde hay que ir, y todo ello sin perder la libertad de movimientos. Hay que tener en cuenta que la existencia de todo un planeta por explorar hará que pensemos "¿y por dónde empiezo?", pero este problema está brillantemente resuelto gracias a la forma en la que se construye cada escenario. Por si acaso, el escáner del ordenador integrado en la armadura de Samus nos mostrará el punto hacia donde debemos encaminarnos en caso de que estemos perdidos.

El escáner, ya que lo mencionamos, seguirá siendo una de las principales herramientas de Aran. En Echoes, la cantidad de elementos escaneables es muy superior, incluso se pueden escanear cosas que resultan irrelevantes para la aventura. Este sistema ha sido potenciado, de forma que los elementos escaneables aparecen resaltados en su totalidad por un color identificativo. Así, los elementos azules indican que podemos obtener información al escanearlos; los rojos son elementos vitales para la aventura, y, finalmente, los verdes son elementos ya escaneados. Los ítems vitales se quedan registrados dentro de lo que se conoce como "Red de Datos", que es una completa base de datos en la que el ordenador de Samus almacena, de forma ordenada y clasificada, todo lo que hayamos escaneado, junto a una imagen tridimensional.

Lo que sí que permanece invariable son las expansiones de energía, munición y bombas de energía, ocultas por los mapeados, a la espera de que los jugadores más osados las encuentren. Algunas de ellas las iremos encontrando durante el avance normal del juego, pero muchas otras nos obligarán a investigar a fondo y a usar todas las habilidades de Samus. Como siempre, esto tiene tres finalidades. La primera y más obvia es mejorar nuestras posibilidades de combate, la segunda es la de favorecer la exploración, y la última es aumentar el porcentaje de ítems recolectados, que según el que se obtenga, nos permitirá ver distintas variaciones de la secuencia final del juego.

La jugabilidad es otras las cosas que tampoco ha cambiado. Su particular control, convertido para la vista en primera persona, requiere de un tiempo de adaptación para los jugadores que prueban la saga Prime por primera vez. Aunque pueda parecer duro al principio, no tardamos en comprobar que es el más idóneo para el estilo de juego. No existe un control dual como muchos esperarían, pero es que tampoco debemos olvidar que Metroid Prime 2: Echoes no es un shooter. El joystick analógico principal sirve para movernos, y también para mirar si lo combinamos con el botón R. Combinado con el botón L permite desplazarse lateralmente, o bien alrededor de un enemigo fijado con el mismo botón. El salto se realiza con el botón B, y es increíblemente preciso a pesar de la perspectiva. Los que jugaron a la primera entrega no necesitarán ningún tiempo de adaptación, ya que el control es exactamente igual y responde de idéntica forma. Sólo hay que aprender algunas novedades, como usar la Turbosfera sobre los raíles magnéticos, y disparar mientras se utiliza el Rayo Enganche. Resumiendo: la jugabilidad es tan exquisita como siempre, pero potenciada con las nuevas posibilidades.