Este hiperestado también llega a ser aplicable a la morfoestera, permitiendo destruir elementos de Phazon que de otra forma no podríamos golpear. Por desgracia también encontramos enemigos que hacen uso del hiperestado, y que para ser dañados requieren que nosotros también arriesguemos nuestra vida empleando el Phazon. Enemigos con invisibilidad temporal, esquivos enemigos voladores, enemigos con momentos muy puntuales de vulnerabilidad, cada cierto tiempo encontramos novedades que impiden que nos aburramos.
Los visores siempre han jugado un papel importantísimo en la subserie Prime. La obsesión a la hora de escanear cualquier objeto del título, enemigos, terminales, murales de historia, objetos, nos hace completar parte importante de los archivos de juego, además de obtener pistas sobre puntos débiles de jefes, todos los detalles secundarios de la historia, y en este título una serie de créditos que nos sirven de moneda de pago de ilustraciones, temas de la banda sonora, y diversos extras que encontramos dentro del apartado de Extras.
A este respecto debemos mencionar la existencia de un sistema de logros, llamado Créditos de Amigo, con los que podemos demostrar a nuestros amigos registrados la superación de ciertos eventos del juego. Además, también mediante el servicio WiiConnect24 podemos mostrar a nuestra lista de amigos que estamos jugando al título, apareciendo nuestro nombre coloreado en negro en sus listas. Debemos resaltar que Nintendo no permite enviar tarjetas de amigos a usuarios que dispongan de versiones NTSC, ya que estas se perderán. De nuevo otra muestra más de la peculiar visión de los apartados online por parte de la compañía de Kyoto.
Volviendo al tema de los visores debemos resaltar la inclusión de un visor que nos permite manejar la nave a distancia. Conforme progresamos en la aventura no sólo actualizamos el armamento y equipamiento de Samus, si no también el de su nave. De esta forma, y superando los puzles pertinentes podemos llevar la nave de Samus a los lugares de aterrizaje adecuados. Así conseguimos acercar un punto de salvado y recuperación de energía. Los usos de la nave de Samus pueden ser más agresivos, utilizando su armamento pesado para acabar con ciertos objetivos. Estos puzles requieren la desactivación de torretas que ponen en peligro la integridad de la nave.
El manejo de los visores es bien sencillo, apretando el botón - entramos en una pantalla dividida en tres zonas donde apuntando con el puntero del Wiimote seleccionamos uno de los visores. Moviendo posteriormente el Wiimote podemos escanear desde los objetos, acceder a los comandos de llamada de la nave, etc.
Los botones 1 y 2 del Wiimote sirven para entrar en el menú donde encontramos los Bancos de Datos, el Mapeado 3D clásico de la serie o el inventario; o para recibir consejos. Podemos consultar información de los objetivos superados y los aún pendientes, el bestiario de criaturas escaneadas, clasificadas por razas o lugares de origen, las investigaciones de la Federación, así como las historias que vayamos desbloqueando a través del escaneo. El siguiente apartado será el inventario de Samus que nos presenta los diferentes visores, trajes, enganches, armas y accesorios de hiperestado, armas y accesorios de la Cazadora. Dentro del apartado de opciones encontramos las de fijación, vibración, salto inverso y fuego, sensibilidad, visores, controles, opciones de visualización y audio. Por último también podremos acceder al mapa del planeta actual, con las diferentes zonas de aterrizaje, así como el mapa del Sistema Solar de la Federación Galáctica, donde inicialmente tenemos las entradas de Norion, Elysia y Bryyo.
Dentro de la nave de Samus encontramos controles de radio, blindaje, mapa galáctico, propulsores, que nos deparan alguna sorpresilla oculta bajo códigos, además de que consiguen ofrecer una sensación más inmersiva. Al llegar a la ubicación de la nave de Samus podemos salvar, salvar y subir a la nave, o simplemente entrar a la misma para viajar a nuevas localizaciones. En cualquier caso, la aventura resulta eminentemente dirigida ya que aunque se nos permite viajar a Elysia y Bryyo, las dificultades orográficas, y por lo tanto la carencia en equipamientos nos presentan un orden lógico de avance.
