Pero pese a su componente aventurero, no hemos de olvidar que seguimos delante de un juego de pinball, y en este aspecto no faltan los elementos clásicos que caben esperar, más algunos característicos de la saga Metroid, que serían físicamente imposibles de montar sobre una mesa de pinball real.
Cada mesa tiene un "carril" que bordea toda la pantalla superior, cada vez que hagamos pasar la bola por ahí, se activará una de las letras de la palabra "SAMUS" que hay en el centro. Con todas las letras activadas, se iniciará el modo combate que nos permitirá disparar a los enemigos y ganar un artefacto. Tampoco faltan los multiplicadores de puntos, que se activan al iluminar todas las lucecitas de un mismo grupo, y cuyo estado podemos desplazar pulsando en los flippers.
Durante el juego, es posible activar algunos modos que nos pueden hacer ganar grandes cantidades de puntos. El modo "multiball" hará que en la mesa haya tres bolas y se activen los "jackpots", que son zonas que dan puntos si conseguimos que alguna de las bolas pase por ellas. Lo bueno es que este modo es virtualmente ilimitado, durará mientras consigamos mantener las bolas sobre la mesa. Otro modo similar, y más exclusivo de Metroid, es "Phazon multiball", que generará dos bolas de distinto color y llenará la mesa de pequeñas partículas de Phazon de esos mismos colores, de forma que cada bola sólo puede tocar las de su mismo color. Otros modos harán aparecer enemigos sobre la mesa, como Piratas Espaciales o Metroids, que a diferencia del modo de combate, tendremos que eliminar a bolazos dentro de un margen de tiempo para poder ganar un Artefacto. Estos modos pueden llegar a ser desquiciantes en algunas ocasiones, cuando vemos que el tiempo se acaba y la bola no pasa por donde queremos o se queda eternamente rebotando en alguna zona.
Y por lo demás, las mesas se componen de las piezas físicas habituales, aunque ligeramente convertidas a la estética Metroid. Los dos carriles laterales que hay junto a los flippers están protegidos por dos lanzadores que evitan que la bola se salga por ahí, aunque sólo funcionan una vez. Además de eso, los dos flippers a veces cuentan con un campo de fuerza que evita que la bola caiga entre ellos, lo cual es siempre es un seguro de vida.
Finalmente, está disponible la clásica posibilidad de dar un golpe a la mesa para conseguir que la bola vaya por donde queremos (o que no vaya por donde no queremos), esto se hace con la pantalla táctil, siendo la única acción del juego que aprovecha dicha pantalla, ya que los flippers se controlan solamente con los botones o la cruceta. En la práctica, apenas se utiliza este golpe, pero ahí queda la opción.
El objetivo del juego es, en última instancia, acumular la mayor cantidad posible de puntos. Pero hay que decir que, como es habitual en estos juegos, no existe la posibilidad de guardar partida, sino que se debe jugar de una sola vez, hasta donde cada uno pueda llegar, como si fuese un
Tetris. Por eso existe otro modo que es el "Single Mission", en el que elegimos una mesa y jugamos siempre en ella, sin avanzar hacia otras mesas y sin tener que recoger artefactos. Por así decirlo, es como eliminar el componente aventurero y centrarse más en el pinball. Y aunque este modo puede ser tan eterno como el principal, existen dos mesas donde el único objetivo es eliminar al jefe final en el menor tiempo posible teniendo una única bola. No es que dé para mucho, pero al menos sirve para unas partidas rápidas que si tienen un final definido.