Dispondremos de esta forma del modo Arcade, Práctica, Versus, Konquista, con su correspondiente Kripta, Puzzle Kombat y Ajedrez. Puzzle Kombat utiliza un motor de juego heredado de clásicos como Puyo Pop, y especialmente Super Puzzle Fighter II Turbo. Además de disponer de versiones Super Deformed de los luchadores del juego, pese a conservar el nivel de violencia, y añadir el sistema de movimientos especiales, únicos y característicos de cada personaje, el resto de la mecánica es un clon absoluto del juego de Capcom. Deberemos agrupar las piezas del mismo color, que eliminaremos, no con una burbuja de la misma tonalidad, si no con un símbolo de Mortal Kombat del color correspondiente. En vez de eliminar todas las gemas de un color con un diamante, utilizaremos una bomba. Dispondremos de los clásicos combos al formarse nuevos movimientos al desaparecer las piezas.
Estas piezas caerán al igual que en Puyo Pop o Super Puzzle Fighter Turbo II, de dos en dos, deshaciéndose la pareja al chocar con las piezas que ya se encuentren en el receptáculo rectangular. Perderemos el asalto al superar las fichas la línea de nivel superior, realizando un Fatality relacionado con el escenario tras el segundo asalto victorioso. A diferencia del título de Capcom, las piezas del mismo color no formarán gemas o construcciones de mayor tamaño, y las piezas que mandemos al rival podrán ser eliminadas al momento, no disponiendo de un contador que impide interactuar con las mismas hasta realizar diversos movimientos. Además, conforme vayamos acumulando combos y piezas lanzadas al enemigo, se nos rellenará una barra de especiales que nos permite realizar diversas acciones únicas para cada personaje, como congelar las piezas del rival, modificar su orden, etc.
El control en esta versión PlayStation Portable resulta algo más preciso que en las ediciones domésticas, aunque la IA sigue resultando inferior a la de los clásicos de Sega y Capcom. Este modo de juego, pese a haber perdido frescura respecto a la novedad de Deception, al igual que el estratégico ajedrez que incluye movimientos de lucha y toda la violencia de la serie, aporta variedad al conjunto y permite descansar tras las largas partidas del modo Konquista, o los desafiantes combates del Arcade.
Konquista nos ofrece seguir desde la primera persona el devenir de Shujinko, viendo su manipulación para devolver a la vida a Onaga, el antiguo emperador del OutWorld. Mediante una estructura de beat'em up con ligeros toques aventureros, este modo incluye principalmente tutoriales de mecánica de lucha, manejo específico de personajes, mediante misiones de movimientos sencillos de cada estilo de lucha, lanzadores, golpes bajos, combos sencillos, avanzados y ramificados, combinando dos o hasta tres estilos de lucha diferentes, así como la realización de golpes especiales y la disputa de un combate a un único asalto.
Diversas misiones bastante lineales, exploración de las construcciones para obtener bonificaciones y llaves para ciertos cofres de la Kripta, monedas de záfiro, onyx, platino, jade, rubí, oro, que también emplearemos para comprar extras, y el juego con el tiempo, podremos meditar para hacer pasar las horas, y descubrir que ciertos personajes, eventos o cofres, aparecen sólo entre determinadas horas, marcan el desarrollo de este modo.
Ya el interés en PlayStation 2 se veía reducido ante la reiteración de conceptos, la inclusión con calzador de ciertos personajes, un motor de juego bastante arcaico, pese a que como añadido dentro de un juego de lucha 3D resulte original, y el reducido peso de la historia, quedando reducido a un tutorial dirigido, y a unas actuaciones, secuencias cinemáticas y doblaje, de un nivel no demasiado elevado. Esta sensación queda agravada si habéis disfrutado de Shaolin Monks o Armageddon, que mejoran ampliamente esta concepción de aventura, pero es que encima, el nivel técnico, juego de cámaras, control del personaje al acercarnos a muros y objetos que limitan nuestro movimiento, que hacen enloquecer la cámara, pasando a una primera persona que nos saca de la pantalla, así como detalles como la no adaptación a formato panorámico, y por tanto deformación del ratio de pantalla, dentro de las construcciones, nos hacen pensar que la tarea de testeo para este modo no ha existido, o que directamente, ante el retraso acumulado en el lanzamiento del juego, ha hecho que se publique tal cual está.
Por suerte, los modos de juego principales funcionan de forma idéntica a los originales, con un sistema de contras, combos y movimientos, más extenso y profuso incluso que el de Armageddon. Detalles como los Fatalities relacionados con los escenarios, las luchas en varios niveles de los mismos, constituyeron interesantes añadidos, aunque por el contrario, los suicidios de los personajes vencidos, o Hara-Kiri, son absolutamente prescindibles y nos devuelven a la etapa de Friendships, Babalities, Animalities, Brutalities, etc.
El control de los personajes mediante el stick analógico resulta algo lento, aunque por suerte la cruceta digital funcionará a las mil maravillas, por lo que las lamentables sensaciones dentro del modo Konquista, quedarán borradas de un plumazo en cuanto disputemos unos cuantos combates a los modos principales como Arcade o Resistencia, aunque este último sea demasiado simplón y limite la interacción con unos escenarios simplificados que contrastan negativamente con el resto de localizaciones de los otros modos de juego.
Dentro de la Kripta podremos conseguir trajes alternativos, vídeos promocionales y de producción y promoción, ilustraciones, bocetos, bios, aunque no personajes extra, ya que vienen desbloqueados de serie. Este aspecto limita el atractivo de conseguir monedas, bien a través de Konquista o al vencer combates en el resto de apartados, como posesos para desbloquearlo todo, aunque tras el retraso en su salida, y para aquellos usuarios más perezosos, constituirá una interesante opción.