El siguiente modo es el
Vs Cpu, en el que participaremos con un personaje a nuestra elección y lucharemos contra diferentes enemigos. Aquí también sigue disponible el sistema de ganancia de puntos que vimos anteriormente. Y además de este se irán guardando las estadísticas de las victorias, derrotas o empates de cada personaje, contando incluso con las que la
Cpu nos vence.
El multijugador también ha sido incluido en
Ultimate Ninja Heroes. Se trata de un modo bastante sencillo en el que podremos pelear contra nuestro amigos mediante el
ad-hoc. Un gran detalle es que se ha incluido el
Combate Compartido para poder jugar con otras personas que no posean el título.
La siguiente opción es la
Casa de Naruto dónde podremos ver los objetos que hemos conseguido a lo largo de nuestras batallas o editar nuestro perfil multijugador. A lo largo del desarrollo iremos desbloqueando una serie de extras como imágenes e ilustraciones de todos los personajes, los temas musicales más conocidos, secuencias de vídeo y perfiles de los distintos personajes. Un gran acierto este a la hora de darle mayor rejugabilidad al título.
Por último encontramos la opción de
Progreso. Aquí es dónde les daremos uso a todos los puntos de experiencia que vamos ganando en los otros modos de juego. Cada personaje tendrá los puntos que le pertenezcan, pudiendo asignárselos nosotros a alguno de los diferentes parámetros que definen al luchador. Existen 6 cualidades a mejorar: Ataque, defensa, velocidad, cantidad de chakra, resistencia y el espíritu ninja. Podremos mejorar hasta 5 veces cada aspecto; contándonos una diferente suma de puntos que varía según cuales sean las virtudes o defectos del personaje. Por ejemplo al mejorar a
Naruto lo que menos puntos cuesta es la cantidad de chakra y la resistencia, ya que como sabéis tiene un chakra casi ilimitado debido a la presencia en su interior del
Kiuby; sin embargo el ataque será uno de los que más costará ya que no es precisamente su virtud.
Estos personajes mejorados podremos usarlos luego en todos los modos de juego excepto en el modo
Héroes. Es una opción bastante interesante de cara al modo multijugador, en los demás modos estas mejoras, no sabemos por qué, no las apreciaremos mucho.
Pasemos ahora a los controles de juego. Dentro de un combate el único botón que utilizaremos para atacar será

,

sirve para saltar, con

usaremos cualquiera de los objetos que recojamos en el escenario y que seleccionaremos previamente con

.

sirve para cubrirnos y pulsando primero

y después

cuando tengamos la barra de chakra al máximo realizaremos un ataque especial.
Se nos antoja muy pobre el que se ataque solamente pulsando un botón ya que debido a esto el número de técnicas de un personaje es muy limitado, variando sólo según la posición de la cruceta que pulsemos. También nos han parecido escasos los ataques especiales, de los que cada personaje sólo posee uno. Los objetos que citamos anteriormente los iremos recogiendo por el escenario. Las diferentes localizaciones poseen elementos interactivos como pueden ser barriles, carteles de edificios e incluso algunas construcciones. Si nos situamos a su lado y las destrozamos seremos recompensados con objetos tan variados como: kunais, pergaminos explosivos, aumentos de vida/chakra y algunos más.
Cada escenario se encuentra divido en tres planos, uno central, uno bajo y otro alto. Nos podremos mover a través de ellos saltando y seleccionando la dirección a la que deseamos ir.