Conforme nos encontremos con diversas criaturas a lo largo y ancho de Neopia deberemos superarles mediante combates al estilo Reversi and Go. Para aquellos que no conozcan este clásico, debemos decir que nos encontramos ante un juego de tablero en una matriz cerrada. Dos jugadores, moviendo alternativamente azules o rojas, deberán tratar de apoderarse de las piezas rivales encerrando las del contrario entre dos extremos de fichas de su color. Las posibilidades son bastante amplias con la mecánica principal, con un amplio grado de estrategias de movimiento y captura aprovechando las diagonales, los extremos de la pantalla y las peculiaridades de Neopets Puzzle Adventure. Además de la habilidad para tratar de voltear una pieza rival, contamos con casillas especiales que bonifican la magia de la luz, la magia negra y la magia del aire. También existe un tipo especial de casilla que genera una onda expansiva que girará una ficha rival y podrá voltear las que medien entre esa pieza y las nuestras. Los tableros contarán en algunos casos con límites que modifican las estrategias, además de disponer de varios tamaños que también influyen en el desarrollo y duración de las partidas.

El objetivo de los combates es bien sencillo: tratar de capturar todas las piezas del rival. Esta es la forma más rápida de finalizar la lucha, ya que en caso contrario jugaremos hasta llenar toda la matriz de fichas, compitiendo por conseguir dominar con nuestro color, aunque en este caso y de forma algo injusta, la victoria la alcanza el jugador que más puntos consigue con cadenas, combinaciones y demás estrategias avanzadas.

Al igual que en Puzzle Quest el desarrollo de los combates por turnos resulta estratégico y mezcla reflexión con un imprescindible grado de suerte que puede inclinar la balanza de una forma brutal. En cualquier caso las piezas que aparecen en pantalla son las que cada jugador coloca en cada momento y por ello el factor sorpresa es menor que en Challenge of the Warlords o Galactrix. En cualquier caso nos llevará un pelín dominar este combate estratégico y entender todos sus entresijos.

Siguiendo el diseño principal del juego, nos encontramos con una jugabilidad menos profunda que la de Puzzle Quest, especialmente a la hora de avanzar e incluir nuevos elementos que vayan dificultando nuestras selecciones o determinando un camino de evolución del personaje que tenga efectos drásticos. En todo caso existe un salto importante entre la estética infantil y el argumento pueril y lo que es propiamente la jugabilidad de los combates. Nos choca un poco que al jugador que le atraiga la jugabilidad le pueda encajar la estética y viceversa.

Más simplones y por lo tanto más idóneos para el público objetivo resultan los minijuegos que tratan sin demasiado éxito de introducir cierta variedad en el desarrollo principal. Cocinar mezclando integrantes y tratando de dejar un mínimo de piezas dentro de la olla mágica al eliminar grupos de elementos del mismo tipo o entrenar tratando de conseguir más parejas de cartas iguales que el rival son algunas de las propuestas iniciales en este campo. Podremos acceder a ellos dentro del apartado de "Minijuegos" del menú principal, encontrando también los juegos de "Búsqueda", "Herrería", "Doma", "Captura" y "Rescate". Como decíamos anteriormente, bastante simplones y en cualquier caso carentes de atractivo.