La captura de Pokémon se realiza al lanzar una Pokéball contra un Pokémon salvaje, y dependiendo de su nivel de salud, de si tiene algún estado alterado, bien paralizado, dormido, congelado, quemado, etc.., que faciliten su captura. Además el tipo de Pokéball empleada, bien por su "potencia", o por el tipo, se adaptarán en mayor o menor medida al tipo de Pokémon a capturar.

Existen diferentes tipos de Pokémon, desde Pokémon bicho, de agua, psíquicos, pájaro, roca, eléctricos, planta, de fuego, de lucha, etc., así como combinaciones de varios tipos que hacen que la criatura en cuestión tenga potencialidades y debilidades frente a otros tipos. Así un ataque de fuego destrozará a un Pokémon planta, mientras que un ataque de agua hará lo propio con uno de Fuego, los Pokémon roca serán débiles contra ataques de tipo Planta, como Absorber o Megaagotar, lo que conforma una especie de sistema mejoradísimo del sencillo juego de piedra, papel y tijeras, aunque bastante más complicado debido al cruce habilidades, y a la existencia de Pokémon mixtos, que provoca que la correcta elección de nuestro equipo pueda facilitar el éxito en nuestros combates, aunque el nivel de nuestros Pokémon también jugará un papel importantísimo.

Y es que pese a las potencialidades/debilidades, un débil Pokémon de agua, no destrozará a un desarrollado Pokémon de Fuego. Conforme vayamos superando combates, los Pokémon que intervengan en los mismos, o aquellos que tengan equipados objetos como Repartir Experiencia, irán acumulando puntos que les hará subir de nivel y mejorar sus parámetros como ataque, defensa, ataque especial, defensa especial, velocidad, etc. Cada cierto número de niveles iremos aprendiendo habilidades nuevas, en total podremos retener hasta cuatro, por lo que deberemos olvidar alguna para hacerle sitio. Además algunos Pokémon cambiarán de forma al evolucionar llegado cierto nivel de experiencia, aunque otros Pokémon deberán utilizar un objeto especial para evolucionar, otros sólo evolucionarán al ser intercambiados con otros usuarios, etc. Podremos detener el proceso de evolución pulsando un botón, o equipando ciertos objetos.

Una vez dentro de los combates tendremos diversas posibilidades a realizar con el Pokémon que tengamos en el lado izquierdo de nuestra pantalla, que será el primero en saltar al ruedo. Podremos atacar con uno de los cuatro ataques que conozcamos, que irán desde golpes físicos, ataques que intentan cambiar el estado del enemigo, bien envenenándolo, quemándolo, durmiéndolo, confundiéndolo, paralizándolo, congelándolo, así como absorbiendo parte de su energía en cada turno, ataques especiales que emplearán la naturaleza del Pokémon equipado, desde ataques de fuego, agua, hielo, planta, psíquico, con una cantidad de habilidades y combinaciones bestial, que hará que debamos ser bastante selectivos a la hora de enseńar y mantener para nuestro equipo de Pokémon.

Por si no fuera suficiente, algunos personajes nos enseńarán habilidades al cumplir ciertos requisitos, también podremos conseguir MT y MO que nos permitirán aprender nuevas habilidades, que podremos aprender sólo una o todas las veces que queramos. Algunas de las mismas serán indispensables para seguir avanzando, como Corte, Surf, Cascada, Buceo, Fuerza, etc.

De esta forma podremos ir mejorando a nuestros Pokémon, realizando nuestra selección personal de criaturas que consideremos más oportunas para superar diversos retos, como los gimnasios, en los que lo más inteligente para superar al correspondiente líder será equipar Pokémon que posean potencialidades frente al tipo dominante en dicho gimnasio, aunque esto no será siempre posible debido a los requisitos de experiencia para afrontar los combates con garantías, por lo que lo normal será disponer de un equipo equilibrado que pueda afrontar con mayores o menores garantías un enfrentamiento contra cualquier tipo de Pokémon si no queremos dedicar cientos de horas para disponer de varios equipos reserva para cada ocasión.

Así, entre captura para completar la Pokédex, dispositivo donde podremos consultar las características y habilidades de los Pokémon capturas y avistados, la superación de los diferentes gimnasios, deberemos asistir a la pequeńa historia del juego que nos cuenta la rivalidad entre los equipos Aqua y Magma, y los Pokémon legendarios Groudon y Kyogre en el pasado pusieron en peligro la integridad de la Tierra. Como suele ocurrir con estos títulos, la historia es lo de menos, y el atractivo y estrategia de los combates tiene todo el peso e interés del juego.

Pokémon Rubí/Záfiro introdujo los combates dobles contra dos entrenadores del mismo tipo, y Esmeralda lo modifica ligeramente al permitir que dos entrenadores diferentes, y no sólo una pareja predefinida de los mismos, nos ataquen, al entrar en contacto visual con ambos, lo que ofrece bastante variedad a este tipo de combates, que en las anteriores versiones eran bastante monótonos. Además de esta forma los combates dobles ser realizarán contra más Pokémon a un tiempo, y al no ser criaturas del mismo tipo, o por lo menos obligatoriamente, la dificultad de los mismos aumentará.