En cuanto al tema jugable, la segunda palabra del título del juego es fundamental para explicar este apartado, Evolución. Si bien está claro que la serie ha ido acompañada de mejoras jugables en cada edición, parece que la innovación en cuanto a nuevos sistemas de juego o novedades en el aspecto jugable no ha sido tan radical como se espera. Aunque Konami ha realizado cambios en el sistema jugable, que redundan en una jugabilidad más refinada y rápida, no hay atisbos de que se haya hecho una evolución completa en este aspecto. Tal vez la secretaría Técnica de Konami ha preferido no cambiar de manera radical lo que funciona bien y tan solo realizar ligeros cambios, que en esta ocasión se lo pondrán dificil a los jugadores.

Se lo pondrán un poco más dificil porque el sistema de juego ha cambiado ligeramente, ya que ahora los partidos son mucho más rápidos y fluidos que en la quinta edición del juego. A cambio, ahora es más fácil el que los jugadores lleven la pelota pegada a los pies, pero como en el fútbol, los mejores delanteros se encuentran con los mejores defensas. En esta nueva versión, se puede ver que los defensas han ganado en contundencia y respuesta, sobre todo, en el uno contra uno, por lo que es aquí donde hasta los seguidores acérrimos de la saga, tendrán que cambiar ligeramente su estrategia de juego, ya que tendrán que amoldar su estilo a los pases cortos y precisos que vayan hacia un jugador concreto, centrándose en combinaciones y no dependiendo tan solo de su jugador estrella para determinar el resultado de un partido.

Jugadores estrella que, en esta ocasión, se ven diferenciados claramente del resto de jugadores de su club o selección. Así, los que jueguen con Henry en Francia o el Arsenal, Adriano en el Inter y en Brasil o Ronaldinho con la canarinha, verán que si combinan un estilo de juego de posesión de la pelota junto a estos jugadores, la victoria estará casi asegurada. En lo que mejora PES 6 es en la inteligencia de la defensa, ahora ya no será tan fácil avanzar por la banda y colgar el balón al área, ya que en esta nueva versión los defensas están preparados para sacar a las primeras de cambio el balón fuera del área. Al igual que los porteros, que presentan una inteligencia más desarrollada y son más resistentes y efectivos al rechazar los balonazos que se realizan desde el borde del área hacia su portería.

En cuanto al modo multijugador, las opciones no cambian respecto a otros años. Hasta cuatro jugadores, a la vez si disponemos de un multi-tap, será suficiente para pasar un buen rato de diversión emulando a los mejores jugadores del mundo. En cambio, la gran sorpresa respecto al multi viene de las opciones de juego en red, donde Konami se ha esmerado y permite el juego de hasta ocho jugadores simultáneos en un mismo partido.

En lo que respecta al colectivo arbitral, cambian completamente la línea de versiones anteriores, ya que en ediciones anteriores tanto los árbitros como los jueces de linea eran muy amigos de marcar faltas (con tarjetas de varios colores incluidas) y fueras de juego de manera más que alegre. Ahora en la versión 6 de Pro Evolution Soccer es todo lo contrario. Muchas faltas con los tacos por delante no son ni siquiera pitadas, al igual que los defensas presentan ahora una tendencia muy curiosa de deslizarse por el cesped buscando los tobillos de los jugadores contrarios cuando están defendiendo cerca de nuestra área y no están bajo nuestro control.