El apartado jugable de Shadow Hearts Covenant consiste en una evolución notable con respecto a su precuela. Al igual que en la anterior entrega, nos encontramos con el "Anillo del juicio", un círculo a través del cual pasa una aguja- como si de un reloj se tratara- que recorre ciertas áreas de color: pulsar el botón de cruz cuando la aguja cruce ese área hará que el ataque de resultado. Además, cada área de color cuenta con ciertos "puntos críticos" al final, que en lugar de ser naranjas, azules o verdes (según si es ataque físico, mágico u objeto), son de color rojo: lograr pulsar cuando la aguja recorra estas zonas candentes llevará a un golpe crítico, que hará más daño. Esto hace que el juego sea mucho más dinámico, ya que lejos de los aburridos menús de ataque de otros RPGs, este obliga al jugador a concentrarse para lograr resultados. Obviamente, si uno es muy torpe, puede activar la opción del anillo automático, aunque esto representa bajar la fuerza de los ataques. Por el otro lado, alguien muy habilidoso puede activar un anillo con áreas de color menores, pero que resulte en ataques más potentes. El anillo es realmente muy personalizable, superando con creces a la primera parte: de esta forma, podremos expandir las áreas de color, las áreas de crítico, el número de ataques, lograr que nuestros ataques físicos vayan acompañados de un posible estado alterado, la velocidad de la aguja, y así un largo etcétera de variaciones. Al final de la batalla, la buena utilización del anillo y las habilidades podrá ofrecer un "battle bonus", esto es, un extra de experiencia o de dinero.
Al altamente configurable ataque físico se suma la variedad de magias, bastante amplia, que se consigue mediante los llamados "magic crests" que encontramos dispersados por el mundo. Esto son objetos que equipamos a nuestros personajes para permitirles efectuar hechizos, y funcionan de forma similar a las "materias" de Final Fantasy VII: existe un límite de crests a equipar, y estas podrán ser subidas de nivel solucionando los puzzles del minijuego "Solomon's Key", donde nos llevarán a un mapa en el cual deberemos- en base a las pistas ofrecidas- colocar nuestros crests en un mapa para que logren cierto orden.
El añadido más interesante en el sistema de combates de Shadow Hearts Covenant es sin duda el de los combos: en el primer juego, los combates seguían un esquema al estilo Final Fantasy, donde la posición de los enemigos en el escenario 3D no tenían especial relevancia. Esta vez el escenario sigue un patrón similar al de Grandia II, nuestros enemigos y nuestros personajes se mueven por el lugar, y según sus posiciones podremos afectar o ser afectados por ataques de área (que cubren un determinado espacio y pueden herir a más de un enemigo). Esto permite que podamos poner a dos personajes juntos para efectuar un ataque combinado: de esta forma, un personaje ataca primero y el otro lo puede hacer después. Esta combinación ofrece un bonus de daño, y podemos llegar a hacer un combo con los cuatro personajes con los que combatimos en el escenario. Sin embargo, el riesgo ocurre en fallar con alguno de los personajes, lo que rompería el combo y nos haría perder los turnos. Cabe decir que este sistema es muy interesante, más si tenemos en cuenta que los ataques físicos pueden variar según la opción de ángulo de ataque elegido: lanzar al enemigo contra el suelo, enviarlo lejos, alzarlo en el aire o atacar normalmente hace que varíe el efecto del ataque, de forma que por ejemplo al chocar el enemigo contra la pared este se hace un extra de daño. Este sistema hace que los combates sean mucho menos rutinarios, y nos obliga a planear estrategias de ataque variadas al enfrentarnos a un jefe. El único defecto que se cabe citar es la idea de los puntos de cordura, que se ha mantenido desde la última entrega: los personajes irán perdiendo cordura cada turno, y deberemos recuperarla cuando estén bajos si no deseamos que pierdan el control y hagan acciones aleatorias.
Por si fuera poco, cada personaje jugable tiene un estilo único y una serie de habilidades especiales que potenciar. Las formas de conseguir potenciar las habilidades es variada: por ejemplo, cada combate nos ofrece "energía de alma", que puede usar Yuri para subir la fuerza de sus fusiones con monstruos e incluso conseguir nuevas formas de combate, mientras que por otro lado Karin aprende técnicas de esgrima estudiando las partituras de Wagner de "El anillo de los nibelungos" (no, no tiene ningún sentido), o Blanca debe potenciar su ataque especial luchando contra diferentes lobos que le reten. Lo cierto es que el juego en el sentido de las habilidades especiales es interesante, una de las más curiosas es la de Karin, que consiste en lanzar una carta al azar sin que se prediga si su resultado será bueno o malo, o en mezclar diferentes aceites para crear perfumes exóticos que afecten positivamente sobre nuestro grupo (la cantidad de combinaciones de aceites es impresionante). Tampoco estos sistemas se libran del extraño sentido del humor del juego, por ejemplo, la muñeca del titiritero Gepetto puede efectuar diferentes ataques especiales si consigue vestiditos, que corren a cargo de un sastre francés de evidente homosexualidad (que es lo mismo que decir satírico mariposeo) que a cambio de los vestiditos nos pedirá "tarjetas de las que le gustan", es decir, fotografías de culturistas semidesnudos.
No, no es broma, y uno de ellos incluso va vestido de torero con la bandera de España de fondo.
Finalmente cabe decir que a todo esto se suma un número bastante decente de minijuegos, desde torneos de supervivencia contra enemigos a cambio de objetos hasta una curiosa parodia de Metal Gear Solid, en la cual controlaemos a Blanca- el lobo- para infiltrarnos en una prisión.
