Ambos bandos le pedirán a Sam varios objetivos en cada momento del juego, tanto primarios como secundarios. Dependiendo de la cumplimentación de éstos objetivos, cumpliremos la misión con éxito, o no. La confianza de dichas organizaciones se medirá a través de una barra, la que aumentará o disminuirá en cada lado según cómo realicemos las peticiones. Si en algún momento la medición se vacía, la partida terminará. Por tanto, hay que tratar de cumplir lo mejor posible con las peticiones de ambos, tratando de compensarles equiparablemente. Pero claro, a veces los intereses se cruzan y Sam está en medio. Por ejemplo, los terroristas obligan al protagonista a disparar a bocajarro a un inocente, la NSA le dice que no lo haga. En nosotros está la decisión. En otras ocasiones se pide una determinada tarea a cumplir en un tiempo determinado, si no la hacemos a tiempo se sospechará de nosotros, en cambio, si nos sobra podremos dedicarnos a cumplir lo deseado por el sistema opuesto.

En lo referente a los objetivos por cumplir no hay grandes variaciones con el resto de la saga. Todo se limita en ir de un punto A a un punto B para ya sea hackear un ordenador, abrir una caja fuerte para recuperar ciertos documentos o eliminar a alguien en concreto. Fisher sigue contando con sus habilidades características como amarrarse a tuberías, hacer rappel o amarrar a los enemigos por la espalda ya sea para interrogarles, noquearles o usarles como escudo humano.

Pese a que lo más importante para finalizar con éxito es hacer uso del sigilo, Sam no está exento de llevar armas. Además del polivalente SC-20K que posee varias funciones secundarias como lanzar cámaras señuelo, mira telescópica o dardos tranquilizantes, contamos con elementos importantes como granadas de humo, ganzúas o interferenciadores. Además, para llamar la atención de los centinelas se puede silbar o hacer uso de elementos del escenario como latas de refrescos. El título posee una ligera compatibilidad con el sensor de movimiento de Sixaxis. Con él podremos nadar o ampliar el zoom de los prismáticos, por ejemplo.

El modo online está presente y aumentará la vida útil del título una vez se haya completado la campaña para un jugador. Como añadido en PlayStation 3 se ha incluída una agente espía femenina y varios niveles cooperativos más. Además, los distintos tipos de juego son de lo más variopintos y pueden realizarse tanto en individual con 'Agente Doble' y 'El mejor agente' o en equipo con 'Carrera de archivos, 'Máximo porcentaje' y '25% Máximo' El esquema principal de estos minijuegos es el de descargar un número de archivos determinado en un tiempo establecido. Tanto los enemigos vitales como los bots son los encargados de complicarnos la tarea. Como es obvio, el jugador puede participar en ambos bandos.