El segundo modo y el más importante del juego es el de Misiones. En él nos ponemos en la piel de un espía novato que ingresa en las filas de la SIA, una agencia de espionaje que lucha contra la Organización, un grupo criminal que busca sus propios intereses utilizando nanotecnología que puede dejar las ciudades más importantes del mundo paralizadas. El argumento en sí, y sobre todo cómo está contado es de lo más sencillo y previsible que se pueda imaginar, pero el motivo de esto es el público al que está dirigido.
Cada una de las once misiones disponibles se basa en una sucesión de distintos mini-juegos colocados en distinto orden y con dificultad creciente según vamos avanzando. Los distintos mini-juegos que nos podemos encontrar son los siguientes:
- Paracaídas: Quizá el más elaborado y a su vez complicado. Se trata de dirigir a un paracaidista primero en su caída libre, y luego con el paracaídas abierto, para que pase por una serie de anillos en su recorrido y luego aterrizar en una zona prefijada. Para dirigir el paracaidista tendremos que mover los brazos hacia arriba y abajo, y así girar, frenar la caída o acelerarla. En nuestro recorrido puede haber paracaidistas enemigos que nos den golpes y nos desvíen ligeramente. En ciertos niveles un descuido nos puede echar para atrás toda la misión, ya que fracasaremos si dejamos de cruzar tres anillos, o si aterrizamos fuera de la zona fijada para ello. Lo cierto es que el manejo del paracaidista es bastante intuitivo, pero ciertas pantallas son algo complicadas y es fácil fracasar en las mismas.
- Descifrado de claves: El segundo más divertido, o quizá el que más. Tendremos una figura de más de 6 lados que podremos girar y parar con los brazos. Si la cara que está a la vista tiene el símbolo que se nos pide habremos conseguido una parte de la clave. Así sucesivamente hasta que descifremos un mensaje entero. En un principio el manejo puede resultar extraño, pero en cuanto lo dominemos comprenderemos lo divertido que es.
- Reconocimiento de sospechosos: Se nos presentará una animación de un criminal al que le hemos hecho fotos anteriormente dentro de otro mini-juego (normalmente con el que describiremos después de este) y tendremos que ir seleccionando cada parte de la cara que se corresponde mejor con lo que veamos. En cuanto acertemos todas las partes (pelo, ojos, nariz, boca y cuello) se sabrá quién es el sujeto en cuestión.
- Localización de Objetivos: Se nos presentará un mapa-mundi sobre el que tendremos que dirigir nuestro radar para localizar un emplazamiento o un vehículo enemigo. También tendremos que evitar radares enemigos que nos harán perder tiempo. El movimiento de nuestro radar se puede hacer con unas flechas disponibles en los bordes del mapa. Se divide en tres niveles, el mapa del mundo, el del país, y el de la ciudad. Cuando localicemos el lugar exacto en la ciudad se tendrán que obtener unas fotos y ya podremos pasar al siguiente mini-juego.
- Desactivación de dispositivos: Se trata de una serie de mini-juegos más sencillos cuyo propósito es el de desactivar dispositivos que amenazan la seguridad de los ciudadanos. Existen de varios tipos y todos se basan en los reflejos y habilidad del jugador. Destaca uno en el cual tenemos una especie de bola de metal que va rebotando contra unos bordes que tenemos que girar y así destruirlos. Para que os hagáis una idea, es como un Arkanoid circular, y el giro lo tenemos que hacer con los brazos, por supuesto.
Esto es todo, todas las misiones se basan en una sucesión de misiones de este estilo. Por supuesto, la dificultad va aumentando, pero la verdad es que el juego se pasa en un suspiro si no se nos atraganta alguna misión de paracaídas. Para cada misión existe un contador de tiempo y debemos acabar todos los mini-juegos que lo componen antes de que se agote. Pero no os preocupéis, normalmente siempre se acaba con tiempo de sobra.
