Tal y como ocurre con la trama del juego, el sistema de combate también responde a las características de un juego de rol clásico, por mucho que se hayan mejorado ciertos aspectos en este remake. Aquí tendremos luchas aleatorias en tiempo real que a algunos podrán recordar hasta a cierto punto a Grandia II. Sólo podremos controlar a uno de los personajes del grupo, mientras que los otros los llevará la IA. No nos podemos quejar en absoluto de su funcionamiento. Como solía ocurrir con los juegos de la época, ésta funcionará con una serie de comandos del tipo, encárgate de curar, ataca con todo lo que tengas o ahorra los hechizos. Además, podremos ir cambiándolos sobre la marcha. Se han introducido algunos elementos de las entregas posteriores para hacer las luchas más fluidas.

El juego permite moverse por un mapa con los enemigos lo que aporta bastante dinamismo a las batallas. Sin embargo, pese a ser en tiempo real, cuando accedemos al menú de opciones (por ejemplo, huir o utilizar objetos) la acción se para, lo que le quita cierta gracia a la cosa. Esto contribuye a la enorme facilidad que hemos podido observar en Star Ocean: First Departure. Subir de nivel es bastante fácil y si tenemos la costumbre de comprar bastantes provisiones y equiparnos con lo mejor que nos ofrezca la armería de cada pueblo, avanzar no nos supondrá mucho problema y difícilmente los jefes finales supongan un reto, algo que también se suma al simplismo con el que se pueden finiquitar las luchas. Pese a que habrá algunos adversarios más fuertes que otros, en la mayoría de casos nos encontraremos machando el botón a lo loco.

Obviamente, no todo se reduce en ataques convencionales. También tendremos los especiales, que iremos aprendiendo según vayamos subiendo de nivel. Estos gastan puntos de magia, así que habrá que saberlos dosificar. Aquí viene uno de los cambios respecto al original. Mientras en Super Nintendo nos podíamos equipar con hasta cuatro de estos, en PSP sólo lo podremos hacer con un par. También existirán las habilidades que no las aprenderemos solas, sino que tendremos que comprarlas en los pueblos. Una vez adquiridas, a partir de los SP que obtengamos en combate y explorando por el mapamundi, podremos ir perfeccionándolas. Algunas de ellas permiten subir los HP, otras incrementar el precio de venta de objetos o mejorar la agilidad.

Este sistema de habilidades, así como la creación de objetos y la mejora del mapamundi, son los aspectos clave que se han modificado en el remake a parte de los combates. Ahora podremos aprender a cocinar, tocar instrumentos y componer música, pintar, adiestrar animales o incluso robar a aldeanos. Al ser algo opcional, hará que cada partida que juguemos sea completamente distinta, algo que también ocurrirá en otros aspectos que comentaremos en el apartado de diversión. Por lo demás, el control es todo lo que se podría esperar de un juego de este tipo. Lo único que podemos decir es que en ocasiones no responde todo lo bien que querríamos en las luchas.