El juego es totalmente lineal, el camino a seguir viene dado por una especie de esferas azules sobre las que iremos saltando. Y esto es la base fundamental del título, saltar y de vez en cuando luchar, no haremos otra cosa. Los cuatro botones de acción cuando no estemos luchando servirán para saltar de una esfera a otra y según el lugar en el que estén colocadas tendremos que pulsar un botón u otro. Si queremos realizar un salto hacia adelante pulsaremos

, para ir a la izquierda

y para la derecha

. Algunas esferas serán de un color diferente al habitual, naranjas y en estas tendremos que tener pulsado

para que nuestra tortuga coja impulso y realice un salto más largo. Si conseguimos ir rápido a través de las esferas se nos premiará con la
"velocidad ninja" que como su propio nombre indica hará que nuestra rapidez de movimientos aumente.
Esta dinámica tendrá algunas variaciones en las que deberemos de ser más cuidadosos, por ejemplo a veces tendremos que saltar sobre una viga que se mueve, deslizarnos sobre un tejado o balancearnos en una cuerda; esto supone que deberemos pulsar el botón en el momento preciso ya que si no lo hacemos perderemos la partida y tendremos que comenzar otra vez desde el principio o desde uno de los puntos de control que hay repartidos a lo largo de la fase. Otra cosa que realizaremos a menudo a lo largo de la aventura será realizar una carrera con alguno de nuestros hermanos, si no le alcanzamos no pasará nada pero si logramos ponernos a su altura este nos ayudará lanzándonos a larga distancia por lo que nos evitaremos un buen trecho de esferas.
En los momentos de lucha el ataque básico se realizará con

y si lo pulsamos tres veces encadenaremos una serie de golpes originalmente llamado
Ataque Tortuga. Si mantenemos pulsado

nuestro personaje realizará un poderoso ataque giratorio; mientras lo realizamos los enemigos no se moverán de su sitio, puede que se acerquen a nosotros pero nunca nos atacarán por lo que sería muy fácil derrotarlos de esta manera si no fuera porque cada vez que realicemos este movimiento también sacrificaremos una porción de nuestra vida equivalente al tiempo que hayamos tenido pulsado el botón.

servirá para pedir ayuda a algunos de nuestros hermanos, que aparecerá de repente en el combate y les propinará una buena serie de golpes a los enemigos; pero estos ataques podremos usarlos un número limitado de veces a lo largo de una misión.
A lo largo de los escenarios podremos ir recogiendo diversos objetos que nos ayudarán a finalizar con éxito la aventura. Las porciones de pizza son muy comunes, al juntar cuatro conseguiremos una vida. También podremos recoger iconos que harán que la velocidad de nuestro personaje aumente considerablemente y de vez en cuando alguna que otra bonificación de vida extra. Algunos elementos de los escenarios como las cajas y barriles serán interactivos, podremos romperlos pulsando

para recoger las bonificaciones que a veces contienen.
Cada nivel tendrá una serie de desafíos que podemos completar, no pasa nada si no lo hacemos, esto solo influirá en la calificación que nos den al terminar la pantalla. Para conseguir la
"Insignia del Maestro Splinter" tendremos que completar todos los que nos propongan, que pueden ser hasta cuatro: conseguir el récord de tiempo en completar la misión, vencer a nuestros hermanos en las carreras ninjas que aparezcan, conseguir enlazar el mayor número de saltos consecutivos posible y por último completar la palabra
TMNT consiguiendo las letras que están escondidas por el escenario.
TMNT se trata de un juego facilón en el que no nos costará mucho derrotar a unos enemigos que siguen siempre la misma táctica y que a pesar de aparecer 3 o 4 a la misma vez no saben atacar juntos. La duración es muy escasa, las 15 misiones principales las podremos terminar en unas 3 horas concediendo un gran margen para repetir misiones. El modo
multijugador ad hoc se limita a las carreras ninja; nos conectaremos con nuestros amigos a una partida y elegiremos a un personaje con el que lucharemos por quedar los primeros en una carrera por los tejados neoyorkinos. Todo esto hará que el juego se haga repetitivo tanto en el modo historia como en el multijugador debido a que en todas las fases tendremos que hacer lo mismo pero sobre diferentes tejados.