El sistema de juego de Tales of Phantasia sigue siendo tan bueno como lo era entonces, aunque lamentablemente no ha envejecido tan bien como cabría esperar. Contra el combate por turnos de toda la vida, Tales of Phantasia apuesta por mostrar una pantalla a modo de juego de luchas, donde los mamporros ocurren en tiempo real. Controlamos únicamente a Cress, si bien mediante el menú de pausa podemos dar órdenes a los otros personajes. Nuestros ataques varían entre la estocada, el corte, el ataque áereo y el golpe especial, siendo algunas armas más propicias a un tipo de ataque que otras. Asignando a simples combinaciones nuestras técnicas, podemos ejecutar una variedad de ataques especiales, así como controlar la posición y estrategia de los otros personajes, que son llevados por la CPU.

El combate, de esta manera, resulta mucho más entretenido que el de la mayoría de RPGs, si bien a pesar de ser una apuesta arriesgada y con un resultado bastante bueno, no deja de ofrecer problemas. Aunque el control responde a tiempo, a veces se agradecería una velocidad más rápida a las peleas. También en sentido estratégico se plantean problemas: por ejemplo, al vernos rodeados por enemigos que nos atacan a dos bandas, es imposible moverse y muy difícil atacar, lo cual puede frustrar a los jugadores.

Otro pequeño problema es la inteligencia artificial, tanto de enemigos como de aliados. A pesar de que la idiotez de los enemigos es parcialmente de agradecer dado el alto nivel de dificultad del juego, el comportamiento de nuestros aliados es bastante irritante, y siempre acabamos viéndonos obligados a preocuparnos más por ellos y por las órdenes que les damos que por Cress. También existe una opción que permite activar la inteligencia artificial en el protagonista, lo cual haría que subir de nivel fuese más fácil, dado que los personajes combatirían solos. La idea es buena, pero el resultado se resume en Cress dando golpes aleatorios (a veces incluso a los enemigos) mientras corre de lado a lado felizmente mientras sus amigos son brutalmente masacrados. ¡Viva!

Sin embargo, y a pesar de los defectos y limitaciones, el sistema de combate es muy bueno, y con más posibilidades de las que a priori parece haber. Es una pena, sin embargo, que los encuentros sean aleatorios y excesivamente frecuentes, seguramente colocar a los enemigos en pantalla hubiera sumado puntos a la jugabilidad.

Por lo demás, y dejando de lado el sistema de combates, existen también interesantes añadidos con respecto a la versión de SNES. Uno de ellos es el juego de cocina, que aunque se podría haber explotado mejor, anima a explorar los escenarios tras recetas e ingredientes que nos ayudan a crear objetos. Otro añadido interesante es el de los títulos que pueden ganar nuestros personajes, y cuya asignación determina las habilidades a las que somos afines.