El modo principal de un jugador de Tenchu Z cuenta con un total de 50 misiones, aunque a partir de la vigésima (o antes) ya empieza a aparecer la extraña sensación de estar haciendo lo mismo. Esto es debido a dos cosas: primero, los objetivos son todos iguales y la variedad desaparece en el juego, predominando así las misiones de asesinar a un personaje determinando y siendo menos habituales las de recoger un objeto o a una persona o llegar a un punto exacto del mapa; y segundo, los escenarios se reutilizan constantemente, teniendo diez escenarios como máximo y recurriendo todo el tiempo a éstos. Es cierto que es difícil hacer cincuenta escenarios para las cincuenta misiones, pero un número más próximo no estaría mal, porque, como hemos dicho, jugamos con la sensación haberlo hecho antes.
Al comienzo de cada misión, un pequeño texto introductorio nos explica el motivo por el que estamos allí y el objeto de nuestra empresa. Normalmente, una cortísima escena de vídeo nos muestra dónde se encuentra el objetivo.
El sigilo es el eje central entorno al que gira el juego. Gracias al sistema de muertes sigilosas, acabamos con nuestros enemigos de un golpe letal y silencioso. En la pantalla, cuando estamos justo al lado del que queramos asesinar, el sello ninja aparece, lo que nos indica que es el momento de realizar la muerte sigilosa (si está en rojo, mucho mejor). Dependiendo de nuestra posición respecto a él, vemos una muerta sigilosa u otra. Además, podemos utilizar el entorno con el fin de ayudarnos a acabar con el enemigo, como puede ser apoyados en una pared, colgados de un borde o pegados en el techo. Si tenemos la espada envainada, en vez de ejecutar una muerte sigilosa, cogemos al guardia y podemos usarlo como escudo, llevarlo adonde queramos o, directamente, matarle.
El sistema de control de Tenchu Z es realmente simple y fácil. Con el botón

, saltamos (incrementando el salto con

);

para atacar, realizar una muerte sigilosa o abrir puertas;

para desenvainar/envainar la espada;

para dirigir la vista al centro;

para fijar al enemigo;

para agacharse, y

para usar los objetos.
Aparte de la oscuridad y el sigilo, el HUD es una arma básica. Mediante éste conocemos muchos detalles de nuestro entorno. Empezamos con el medidor Ki: por defecto nos indica a qué distancia se encuentra el enemigo de nosotros; si hacemos algún tipo de ruido (correr, movernos sin cuidado en una superficie delicada o desenvainar el arma), el color cambiará a rosa y el guardia irá a inspeccionar qué era ese sospechoso sonido; si el enemigo nos huele (los animales son más sensibles a nuestro hedor), ya sea porque hemos estado en una fosa séptica o nos hemos empapado de sangre durante un asesinato, el medidor cambiará a naranja; si encuentran a un compañero caído, tomarán el color azul y se dedicarán a merodear por los alrededores en busca del intruso; por último, tan sólo queda el estado de alerta total, cuando nos han visto y están tras nosotros.
Por último, en el HUD queda el medidor de luz (igual que el de Splinter Cell), que nos indica si estamos en una zona completamente a oscuras o en plena luz donde podemos ser vistos. Si el medidor está en el extremo de la zona oscura, el enemigo será incapaz de vernos, sin importar la distancia o la posición nuestra. Y también tenemos un pequeño medidor de sonido, que indica el ruido que producen nuestras acciones, lo cual es muy útil a la hora de acercarnos a un enemigo sigilosamente.
Hablando del enemigo, la Inteligencia Artificial de éstos está siendo muy discutida. Mirándolo objetivamente, la IA es muy pobre, siguen siempre un mismo patrón y sólo es interrumpido por acontecimientos muy destacados (léase cadáver en el camino o que nos vean justo en frente). La visión de los guardias es extremadamente limitada y tan sólo se percatan de que hay algo sospechoso cuando están a pocos metros. Su capacidad de reacción también es muy lenta y, por ejemplo, tras vernos correr hacia ellos delante suya, tardarán bastante tiempo en pasar al estado de alerta, lo que nos deja un amplio margen para maniobrar y atacarles directamente. Y es ahí donde radica la cuestión. Si los enemigos de Tenchu Z tuviesen una IA buena, la dificultad del juego se elevaría exponencialmente, dando lugar a un juego extremadamente difícil, porque ser un ninja no es ciertamente fácil. En definitiva, la Inteligencia Artificial se ve supeditada por una jugabilidad aceptable y una dificultad adaptada a las habilidades del jugador.