Como sin duda ya sabréis, salvo por materias de control, posibilidad de visualización en formato panorámico, y por haberse creado a modo de espejo todos los elementos del mundo de Hyrule, debido a que Link en Wii es diestro, para hacer más cómodo manejar con el Wiimote elementos como la espada, arco, tirachinas, bumerán, gancho, etc., ambas versiones del juego son absolutamente idénticas. El detalle de ver el juego como en un espejo, al comparar las versiones Wii y GameCube, lo podremos apreciar desde la primera entradilla del juego, al ver como cabalga Link por el borde de un precipicio, y como se dirige hacia el aullido final. Si habéis podido probar la versión Wii, al tomar los mandos de GameCube, os despistará inicialmente este cambio de ángulo, aunque no deja de ser un detalle meramente anecdótico.
Al igual que mencionáramos al analizar la versión de este título para Wii, tenemos que destacar el excepcional diseño de mazmorras, en un número muy superior al de Wind Waker, además de volver a comentar que la tarea del Link licántropo de volver a su forma humana, antes de afrontar cada una de las tres primeras mazmorras, se puede considerar como una pequeña mazmorra en si misma, con puzzles motivados por la imposibilidad del lobo de acceder de forma convencional a las construcciones humanas, algo que podremos comprobar bien pronto, cuando debamos volver a la aldea Ordon y conseguir un escudo y una espada para Midna.
El Link lobuno dispondrá de unos instintos especiales que le permitirán hablar con espíritus y animales, escuchar a distancia, detectar criaturas de la oscuridad, identificar y memorizar olores, y seguir rastros, excavar el terreno, bien para pasar por debajo de diversas vallas o muros, o para encontrar objetos especiales, para lo cual será recomendable activar sus sentidos. Dispondrá de ataques en carga y con mordiscos, así como un ataque circular, pudiendo utilizar un escudo de fuerza de Midna para golpear objetos y enemigos simultáneamente dentro del rango de alcance, algo indispensable para vencer a las bestias de la oscuridad que dan paso a los teletransportes de la oscuridad que activaremos mediante la colaboración con Midna.
Este misterioso compañero nos ayudará a realizar saltos lejanos, colgándonos del extraño brazo que aparece tras su casco, lo que posibilita entrar en diversas localizaciones que de otra forma serían inaccesibles. Link lobuno también podrá coger ramas con la boca para prenderlas y poder quemar o encender diversos objetos.
Esta diferenciación de habilidades, y alternancia en su protagonismo, al menos en la primera parte del título, otorga una gran variedad al conjunto, aunque para ciertos usuarios se hará ciertamente dificultoso avanzar con la bestia de ojos azules. El control del Link lobuno no difiere prácticamente nada del de la versión Wii, ya que salvo para los bocados y cargas, así como el ataque circular, no se empleaba el Wiimote para apuntar. El acceso a los instintos de Link, el movimiento de excavar, o la comunicación con Midna se realiza con los botones contextuales a los que indudablemente no podremos enlazar objetos.
El Link humano dispondrá de acciones más clásicas dentro de la serie, como la defensa con el escudo, el ataque con la espada, el ataque circular, que podremos realizar bien cargando con B, o haciendo un giro con el stick analógico izquierdo y luego pulsando el ataque con B. También podremos realizar un mandoble hacia delante, un ataque en salto, así como las diferentes técnicas avanzadas que iremos aprendiendo, como la estocada de remate al suelo. Una vez fijado el blanco con la técnica Z-Targetting característica de la franquicia, podremos esquivar mediante movimientos laterales pulsando la dirección más el botón A, resultando más cómodo que en Wii este movimiento en particular, o más bien, más preciso. La realización del ataque circular y los mandobles, pese a que algunos se quejaran de que el movimiento de la espada con el Wiimote no recogiera la dirección y trayectorias marcadas, es mucho más cómoda en Wii, más ágil y rápida, especialmente el ataque circular.
