En todo momento, mientras caminamos por las calles de Shibuya, aparece en la esquina inferior derecha un pin negro. Este pin, el "pin del jugador", nos permite "escanear" la zona para leer la mente de las personas y para descubrir Noise. Leer la mente de la gente da pistas útiles sobre objetos, monstruos e incluso las misiones, mientras que los Noise aparecen en forma de símbolos que, al tocarlos con el Stylus, iniciarán combates. Por supuesto, también habrá combates forzosos en el juego, aparte de los que nos busquemos nosotros mismos.

Los combates en sí son de lo más novedoso, ya que hacen pleno uso tanto de la función táctil de la consola como de la doble pantalla. Nada más comenzar el combate, nuestro compañero es enviado a la pantalla superior, mientras nosotros permanecemos en la inferior. Los Noise aparecerán duplicados, en la pantalla superior y en la inferior, compartiendo, al igual que nuestros personajes, una única salud. Cuando un Noise muere en una pantalla, desaparece también de la otra. Por tanto, mientras machacamos la cruceta para atacar en la pantalla superior (simplemente pulsando derecha o izquierda), centramos la vista en la inferior, donde Neku usará toda una gama de ataques para barrer a los Noise. Cada pin tiene un ataque que además se activa de una forma distinta: para unos tendremos que rascar en la pantalla con el Stylus, otros requieren pulsar sobre el enemigo, dibujar círculos, soplar al micrófono, etc. Y con 300 pines, preparaos para todo un espectáculo.

Además, cada zona de Shibuya tiene unas tendencias; por tanto, si vamos a la zona pija, será mejor que nos equipemos con pines pijos, porque en cada zona las tres marcas más a la moda reciben un bonus de daño de 100, 50 y 20 % respectivamente, mientras que la que menos gusta reduce su poder a la mitad. Nosotros podemos influir en lo que está de moda según los pines que llevemos... y la ropa que nos ponemos, ya que nuestros trapitos también pertenecen a una u otra marca, aunque ellos no reciben bonus ni penalización por estar en una zona u otra.

Avanzando un poco en el juego conseguiremos el pin de fusión, que será nuestro mejor amigo en los combates, aparte de los pines normales y un correcto vestuario. Cada compañero, de los tres que tendremos en la aventura, obtiene "estrellas de fusión" al atacar al enemigo y, al alcanzar cierto número, podemos realizar un poderoso ataque combinado entre Neku y su compañero que causa daños masivos a todos los enemigos y cura nuestra propia salud. Además, podremos obtener objetos especiales que nos permiten juntar más estrellas para desencadenar ataques combinados más potentes o empezar el combate con algunas estrellas ya cargadas.

Todos estos objetos se pueden conseguir en tiendas mediante el debido pago en yenes o bien en pines que dejen caer los enemigos. Además, cada tendero nos desbloqueará las habilidades ocultas de las prendas que compramos, que suelen tener suculentas bonificaciones ocultas. Sin embargo, para que acepten contarnos estos secretos, tendremos que hacernos amigos suyos... ¿cómo? Pues comprando mucho, hombre, que esta gente va a comisión.