La principal diferencia entre un clásico Mario y este Wario Land 4 la encontraremos inicialmente en la estructura de los mundos y la forma de resolver las fases. Tras entrar en la Pirámide de Oro encontraremos que se encuentra dividida en diversas zonas, cada una de ellas identificada con un color distintitivo. Dentro de cada uno de los recorridos encontraremos cinco fases, cuatro mundos estándar, una tienda de objetos y una zona de minijuegos, así como el enemigo final. Para acceder a la siguiente fase deberemos superar la actual, lo que incluye llegar hasta el interruptor de fin de nivel, que activa una cuenta atrás que determina el tiempo del que disponemos para volver al vórtice que sirve de inicio de fase, además deberemos encontrar la dormillave que abre la puerta que da acceso a la siguiente fase, así como cuatro pedazos de una gema que se insertará en el portón que encierra al jefe del mundo.

De esta forma puede darse el caso de que finalicemos la fase con algunos trozos de la gema, pero resultando incompleta, lo que nos obligará a revisitar la fase para hacernos con los pedazos restantes, y es que Wario Land 4 no obliga a recoger todos los objetos en un único recorrido. O deberemos volver a acometer la fase para encontrar la llave que abre los pasillos, ya que en caso contrario no podremos pasar al siguiente nivel. En cada nivel se encuentra escondido bastante bien un CD que nos da acceso a un peculiar test de sonido.

Podremos entrar a cualquiera de los cuatro recorridos iniciales, tras superar el tutorial inicial que nos explica las bases del juego, por lo que si nos atascamos en algún recorrido no veremos limitado drásticamente nuestro progreso. Tendremos que superar el pasaje de entrada, el pasaje esmeralda, donde nos enfrentaremos a Cractus, el pasaje Rubí, donde lucharemos contra Cucocóndor, el pasaje topacio, que nos presentará a Aerorroedor, el pasaje Záfiro, con Murciégato como enemigo, y el pasillo dorado, que nos lleva frente a la Golden Diva.

La obsesión por el dinero de Wario hará que vaya recolectando monedas que podremos emplear para comprar objetos en la tienda anterior al jefe, aunque de manera indirecta, ya que previamente habrá que utilizar las monedas en los minijuegos, para poder ahora sí gastar esas monedas en las tiendas. Los objetos comprados nos dará efectos beneficiosos para afrontar con éxito los originales enfrenamientos contra los jefes. Estos enfrentamientos contarán con la premura de un contador de tiempo, que marcará el período que podemos emplear para acabar con ellos, y que hará que se nos vayan quitando partes de los tres tesoros de cada mundo, que tendrán especial influencia a la hora de finalizar el juego, provocando que rejuguemos el juego para finalizarlo con todos los tesoros. El dinero también será empleado como cuenta atrás una vez que se acabe el tiempo para volver al vórtice, pero una vez que se agote moriremos, teniendo que empezar de nuevo el nivel.

Como hemos comentado, la originalidad de las fases, con niveles para nada lineales, con multitud de caminos ocultos, habitaciones escondidas, y especialmente con una originalidad y diferenciación de planteamientos entre ellos tremendamente acusada, lo que nos hace ser algo más permisivos a la hora de echar la vista gorda a la escasez de niveles. Desde mundos pinball o tragaperras, caserones con extraños fantasmas, fases árabes con alfombras máginas, fábricas que se congelarán, provocando la dificultad de movimientos por el hielo, mazmorras, selvas, cavernas con lava, completarán las localizaciones que podremos visitar, no os queremos desvelar todas.

Más que por la dificultad en los momentos plataformeros, Wario Land 4 nos propondrá la superación de diversas dificultades donde intervendrá más la cabeza para superar ciertos retos, como la obtención de la dormillave, las joyas, o la vuelta al remolino inicial, ya que el camino de vuelta será alterado, dándonos paso a nuevas zonas, y cerrando otras ya superadas, y teniendo que preocuparnos además de por la cuenta atrás por la habitual obtención de algunas gemas que antes no podían ser recogidas.