El desarrollo del juego es simple, pero al mismo tiempo muy completo, como iremos viendo. En cada fase del juego tendremos que avanzar hasta encontrar al merfle de dicha fase, agarrar la jaula en donde se encuentra, y agitarla para romperla. Hecho esto, se activará una alarma con una cuenta atrás que nos obliga a regresar al inicio de la fase antes de que el contador llegue a cero, generalmente usando un camino distinto al que hemos usado para llegar hasta aquí. Este esquema no existe en las fases submarinas, en las que únicamente hay que llegar hasta el final para acabarlas. Pero ya sea por tierra o por mar, rescatar al merfle será más que suficiente para completar la fase y pasar a la siguiente, pero en realidad el desarrollo del juego tiene una mayor profundidad.

Y es que el avaricioso Wario no está aquí para salvar merfles, si se ha embarcado en esta aventura es para hacerse con todos los tesoros que pueda. Cada fase esconde tres tesoros en cofres que normalmente no son fáciles de conseguir por los medios tradicionales, y requerirán que conozcamos bien el mapeado, especialmente en niveles avanzados. Los escenarios también esconden monedas y sacos de dinero, estos últimos hay que agarrarlos y agitarlos usando el Wii-Mote para liberar su contenido. Por supuesto, los mejores sacos de dinero no estarán siempre a mano. Wario necesita acumular monedas para poder comprar nuevos mapas en la tienda pirata de la capitana Sirope, imprescindibles para abrir nuevos mundos y seguir avanzando en el juego. En esta tienda también podremos comprar contenedores de corazones para aumentar el número de corazones (salud) que Wario puede tener, no son obligatorios pero sí muy recomendables.

Aparte de conseguir tesoros, la salsa de cada fase está también en las misiones. Cada fase tiene entre tres y seis misiones específicas para dicha fase, que son como pequeños retos que podemos conseguir. Las misiones más típicas comprenden tener que conseguir una determinada cantidad de monedas, acabar el nivel sin sufrir ningún daño, o completar la huida en un determinado tiempo, aunque realmente hay objetivos de todo tipo. Completar todas las misiones de una fase requiere tener que visitarla más de una vez, primero porque requieren tener un buen conocimiento del mapeado, y segundo porque muchas de estas misiones son excluyentes entre sí y no se puede conseguir a la vez. En cualquier caso son opcionales, pero sirven para desbloquear las melodías de cada fase y además es divertido ponerse a intentar conseguirlas.

Si nos limitamos a completar el juego rescatando a los merfles y sin revisitar las fases para conseguir tesoros y completar misiones, el juego se puede terminar sin demasiadas complicaciones en menos de cinco horas. El desarrollo se presenta facilón y solo presenta alguna complicación en momentos puntuales o quizá con algún jefe final. Pero obviamente el atractivo del juego reside en la búsqueda de tesoros y en completar las misiones, y aquí es donde las cosas se pueden complicar, porque son cosas que van a requerir un uso a veces rebuscado de las habilidades de Wario y conocer muy bien los mapeados, porque muchas veces veremos zonas aparentemente inaccesibles en este momento, pero que si son accesibles durante la huida.

Los escenarios están plagados de ingeniosos elementos que tendremos que saber aprovechar al máximo si queremos completar el juego con el mayor porcentaje posible, lo que hace que no echemos en falta que sean más extensos. Los escenarios contienen muchos elementos interactivos que se pueden activar usando el movimiento seísmo de Wario (ya sabéis, agitando el Wii-Mote). Esto puede usarse para elevar plataformas, detonar bombas o hacer caer bloques, por citar algunas de las acciones más comunes.