Para mi los mejores mandos que alguna vez probé serían:

Tuve ésta versión, las de los colores jamás llegó a mi país, era comodísima pero como dicen casi siempre con los juegos de nintendo.
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Yo realmente amé los botones C, se me simplificaba mucho el juego y jamás me dio calambres ni hormiguitas en las manos

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El control de la cubo era también muy cómodo, como una buena evolución de la 64.
No consideraré la wii ya que no lo considero un joystick en rigor.
[imag "http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/a0/Sega-dreamcast-set.png" atributos]
Realmente cuando te acostumbrabas el mando de la dreamcast era exelente.
Y ahora los mandos que más me hicieron sufrir las manos:
La de la clásicas NES, es que tan cuadrada, realmente se me adormecían las manos, quizás por eso y por que en esa época prefería jugar con la SNES jamás le di mucha bola D:
La de la Megadrive, me quedaban cortas, se me resbalaba de las manos, muchas veces se me cayo al suelo.
Con la sega saturn me pasaba algo similar que con la megadrive, muy cortita para mis manos.
Las de la primera xbox era demasiado grande, me costaba agarrarla.
Y las de la ps1 ps2 y ps3 son casi identicas, no me incomodaban, pero tampoco eran una maravilla.