El prólogo de Final Fantasy VI nos habla de un conflicto ancestral, la Guerra de los Magi, acaecida hace un milenio. Civilizaciones enteras han sido reconstruidas gracias a las tecnología, el hierro y la maquinaria, quedando aparcados en la leyenda las legendarias criaturas Espers. Esta situación de aparente tranquilidad va a cambiar con la aparición de un Esper. Las fuerzas mágicas están empezando a volver, y el riesgo de que haya otra devastadora guerra está a punto de surgir.
El argumento centrará gran parte de su importancia en el empleo y abuso de la magia. La guerra de los Magi enfrentó a varias deidades, provocando que cualquier humano que fuera tocado por los dioses, adquiriera poderes mágicos, y pasarán a ser Espers. Cada deidad controlaba una serie de Espers, que serían empleados como soldados en la nefasta guerra. Conscientes del peligro de destrucción total, relacionado directamente con la carrera armamentística de finales del siglo XX, que toma el relevo del argumento ecologista de Final Fantasy V Advance, las deidades liberarán a los Espers, quienes transformarán a sus creadores en estatuas de piedra que desaparecerán en otra dimensión. Tras cumplir el encargo divino, los Espers deberían permanecer en la sombra, y evitar que se volviera a abusar de su poder.
Tras esta etapa de magia, la humanidad decidirá entrar de lleno en la edad de la tecnología, liderados por el emperador Gestahl y sus generales Kefka, Leo y Celes. Unos dieciocho años antes de los hechos relatados en Final Fantasy VI Advance, la barrera que separa a los seres humanos y los Espers se debilitará, un hecho que tendrá consecuencias importantísimas en el desarrollo del juego, entre otras cosas, porque permitirá al emperador intentar capturar a varios Espers, lo que posibilitará llevar a cabo su proyecto de combinar tecnología con magia, un proceso conocido como Magitek.
Gestahl y sus científicos consiguerían imbuir este poder mágico en armaduras y vehículos, como los Magitek Armor, lo que permitirá a sus tropas poder desencadenar ataques mágicos, algo reservado en la antigüedad a unos pocos elegidos. El propio Kefka será imbuido con magia, convirtiéndose en un Caballero Magitek. Pronto le seguirán los pasos el propio Celes. Otro invento del imperio será la corona de esclavización, objeto que permite controlar mentalmente a otros humanos.
La historia de Final Fantasy VI comenzará con tres misteriosos personajes pertenecientes a las fuerzas imperiales en misión de búsqueda del recién aparecido Esper. Las fuerzas imperiales viajarán a Narshe, donde se encuentran los restos congelados de esta criatura mágica. Dos de los militares caerán, y el tercero, Terra Branford, saldrá de su aparente estado de desorientación. Terra, tras perder el influjo de la Corona de Esclavización, comenzará a recordar cierto detalles de su pasado, y por suerte, contará con la ayuda de Locke Cole, un buscador de tesoros, quien velará por su seguridad, refugiándola en la guarida de la sociedad conocida como Returners, un grupo que se opone al Imperio.
Pronto el grupo verá aumentado su tamaño, al reunirse con el rey de Figaro, Edgar Roni Figaro, así como su hermano: Sabin Rene Figaro. Protegidos ya del peligro de las fuerzas imperiales, Banon, el líder de los Returners, pedirá a Terra que se una a su causa, a lo cual, nuestra misteriosa protagonista responderá afirmativamente. Pronto se organizará una expedición a Narshe, para investigar el Esper congelado, aunque se verá interrumpido por la invasión por parte del Imperio del sur de Figaro. En una agónica batalla, el grupo quedará separado, ofreciéndosenos tres caminos alternativos que deberemos seguir para conseguir nuestros objetivos.
Este será el punto de partida de un apasionante argumento que nos enfrentará al emperador Gestahl, así como sus tres generales, encabezados por Kefka Palazzo, quien poseerá unas motivaciones megalómanas que pondrá en peligro la integridad de todo el planeta. Terra encabezará las sorpresas argumentales, por su misterioso origen, y podremos descubrir sus increíbles poderes, que marcarán el resto de su vida.
A lo largo de la aventura podremos llegar a controlar a catorce personajes, la cifra más alta en toda la franquicia, así como una serie de secundarios que permanecerán bajo nuestro control durante unos breves momentos. Pese a disponer de un elenco de personajes tan amplio, no se ha descuidado la profundidad y diseño de cada uno de elos, disponiendo de desertores del imperio como Celes Chere, quien cuestionó duramente los métodos de sus superiores, y decidió unirse a los Returners, el caballeroso Locke Cole, los peculiares Sabin y Edgar de Figaro, el leal Cyan Garamonde, quien posee motivos suficientes para desear la muerte de Kefka, los misteriosos Setzer y Shadow, quienes ofrecerán sus servicios puntualmente a la resistencia. Dispondremos de apoyo de magos como la joven Relm Arrowny y su abuelo Strago Magus. No podían faltar clásicos como los Moguritos, concretamente Mog, y además contaremos con las pintorescas colaboraciones de Umaro, un sasquatch de Narshe, o Gogo, maestro de la mímica.
Prácticamente todos los personajes poseen motivos más que suficientes para oponerse a Gestahl y el macabro Kefka, por lo que la disensión no podrá tener lugar.
