La estructura del juego queda dividida por días. En cada jornada acometeremos una misión de rescate, tras la cual volveremos a nuestra humilde morada, amablemente cedida por nuestro compañero de equipo, donde podremos dormir y salvar, y normalmente mediante un retazo de un sueño, tratar de recordar que nos ha pasado para llegar a nuestro estado. Hay que destacar que conforme avancemos por el título, nuestra casa irá evolucionando, adoptando cada vez una forma más parecida a la de nuestro Pokémon.

El comienzo del título es bien simple, conforme entremos en las primeras mazmorras se nos irán explicando las bases del título, desde los ataques físicos estándar, así como el acceso al menú, ambos mediante una simple pulsación, al igual que en Game Boy Advance, o al pinchar dentro de la pantalla táctil en los títulos de menú, una opción más interesante y cómoda. El control del personaje podrá realizarse con el stylus, aunque preferimos la precisión de los comandos con la cruceta digital. Otra de las diferencias que encontraremos respecto a la entrega de Game Boy Advance reside en el uso de la segunda pantalla, concretamente la superior, donde encontraremos las fichas y datos de los Pokémon del equipo, dentro de las mazmorras, así como el mapa general en el poblado. Además podremos consultar de forma más cómoda las informaciones de los menús, estos ya en la táctil, y con soporte para el stylus, así como el resumen de los comandos en pantalla.

Desde este menú es donde podremos escoger los ataques especiales, asociarlos como acceso directo a una combinación de botones, utilizar objetos que recuperan vida, cansancio/hambre, o estados alterados, modificar parámetros de la IA de nuestros compañeros, etc. El resto de controles nos permitirá correr, andar en diagonal, recoger objetos del suelo, mostrando una cuadrícula del movimiento por turno del personaje, recargar energía estando parados, aunque podremos hacerlo de forma automática al andar por el escenario.

El comando de recarga de energía en parado acelerará la aparición de enemigos, que nos perseguirán por todo el escenario. El movimiento de nuestro personaje quedará detenido en cuanto nos enfrentemos a un enemigo, o bien nos ataquen a nosotros o a nuestro compañero. En cualquier caso, huir a toda velocidad de los enemigos, principalmente cuando estemos bajos de energía, será tarea harto complicada. La movilidad de personajes, los saltos de animaciones a la hora de correr, no dan una impresión demasiado favorable del juego de Chun Soft.

Hemos mencionado un elemento novedoso dentro de la franquicia Pokémon, y no es otro que el hecho de que los Pokémon tengan que saciar su hambre, ya que de otra forma comenzarían a perder vida gradualmente. Si perdemos toda la energía seremos expulsados automáticamente de la mazmorra y deberemos emprender la misión de nuevo al día siguiente, perdiendo dinero y objetos. Los personajes del juego irán ganando experiencia tras cada combate, subiendo de nivel y mejorando sus estadísticas, lo que hace que podamos afrontar las mazmorras de dificultad creciente de forma más confiada, pese a todo, al poco de iniciar la aventura podremos entrar en un gimnasio de un Makuhita para entrenar, aunque el nivel de sus mazmorras tampoco es desdeñable.

Según entremos en las mazmorras, que tendremos que recorrer completando el mapa, al más puro estilo Diablo, nuestro objetivo será llegar hasta el nivel encomendado en la misión para vencer a algún personaje, rescatar a algún Pokémon indefenso, entregar o recoger objetos, etc. En algunas ocasiones, el diseño aleatorio de las mazmorras hace que la entrada al siguiente nivel esté justo al lado de la subida/bajada desde el anterior, algo que debería haberse cuidado más.

Las primeras mazmorras dispondrán de pocos pisos, y además el nivel de los enemigos que nos encontraremos será bastante bajo, por lo que incluso podremos prescindir de los ataques especiales, y no deberemos tampoco recorrer demasiado camino para llegar hasta las escaleras que nos conduzcan hasta el siguiente piso. La linealidad de estas misiones, y el escaso atractivo de su diseño, una de las pegas del diseño aleatorio, minará nuestra primera impresión del juego, aunque pronto nos daremos cuenta de que por suerte, el título esconde más de lo que aparenta.

Conforme vayamos acometiendo más y más misiones, encontraremos nuevas ubicaciones que aparecerán en el mapa principal, y a las que posteriormente podremos acceder desde las diversas salidas de la ciudad. Algunas de las mazmorras concluirán en un enfrentamiento contra un jefe más duro, comenzando por Skarmory. De todas formas, si utilizamos las escaleras de la última planta, saldremos de la mazmorra directamente, aunque también podremos usar algún objeto para salir de algún apuro, o bien tras rescatar o cumplir algunos encargos.

Dentro de la ciudad donde instalamos nuestra casa, concretamente en la Plaza, encontraremos una serie de instalaciones especiales. La tienda de los Kecleon nos servirá para comprar ítems de ayuda, así como MT. El banco de Persian servirá para depositar dinero y de esta forma no perderlo al poder morir en una mazmorra. Wigglytuff regenta el círculo de amigos, donde deberemos acudir para que por primera vez se nos puedan unir Pokémon amigos a nuestro grupo, así como para comprar nuevas zonas para explorar y conseguir amigos.

El tema de los amigos funciona bien al derrotar a algún Pokémon que nos ataque, y que quede impresionado por nuestras cualidades, o algunos amigos que se nos unen de forma automática durante el transcurso de la historia. Estos Pokémon nos acompañarán durante la misión actual, y más tarde volverán a su zona, donde tendremos que acudir para pedirles de nuevo ayuda. Los magnemite que nos ayudan a llegar hasta una cría colocada fuera de nuestro alcance por Skarmory, serán nuestros primeros amigos, llegando hasta el límite máximo en mazmorra de los cuatro Pokémon en grupo.

Desde la oficina postal podremos conseguir nuevas misiones, en el tablón, así como enviar mensajes a otros jugadores o equipos. Los Pelipper se encargan de distribuir de todos modos el correo a nuestro buzón. El almacén de ítems, en el que aparece Kangaskhan, tiene su razón de ser en la posibilidad de perder todo lo que llevemos encima si perecemos en una misión, así que deberemos guardar los objetos más preciados ante el riesgo de pérdida.

Gulpin regenta un puesto desde donde podremos enlazar dos movimientos para aumentar sus efectos. Podremos deshacer esta acción, así como aprender viejos movimientos olvidados. Además encontraremos el mencionado gimnasio de Makuhita.