La mecánica del juego es muy sencilla pero a la vez que efectiva. Nos desplazaremos a cada una de las distintas localizaciones a través del mapa principal. Cada una de las localizaciones posibles estará representada por un círculo en el mapa y si la señalamos nos mostrarán una "foto" del lugar. Como no sabemos teletransportarnos tendremos que recorrer cada lugar a pie, es decir que si según el mapa estamos a tres círculos del gimnasio (nuestra base), tendremos que atravesar las fases correspondientes a esos círculos.

Cada circulo estará formado por una o más pantallas que tendremos que atravesar haciendo uso de las habilidades que ya hayamos adquirido, aunque siempre habrá abierta alguna pantalla que aún no podamos atravesar, o que sí podemos hacerlo pero guardando algunos secretos que más adelante podremos volver a buscar. En cada pantalla además de objetos por recoger y puzzles que resolver también tendremos un buen catálogo de criaturas que derrotar y plataformas que superar para no caer en un mortal abismo (o no...).

Nuestro protagonista dispondrá de un amplísimo catálogo de habilidades otorgadas por aquellos espíritus que vaya consiguiendo, ya sea encontrándolos por ahí desperdigados o bien otorgados por el curso de la historia. Habrá de distintos tipos pero los más importantes serán los de habilidades, ya que gracias a ellos podremos ir superando las distintas fases y encontrar jugosos secretos. También habrá otros de acción que nos servirán como ataques, ya sea en forma de espadazos muy potentes o ráfagas de golpes, por ejemplo. Estos también son esenciales ya que nuestro protagonista sólo sabe blandir una espada y propinar un combo de hasta tres golpes (más ataque aéreo y agachado). También podrá saltar de serie, pero hasta no más.

Para usar el resto de habilidades, así como los de equipo (pues tampoco podemos llevar equipo a la vieja usanza), tendremos que "equiparnos" los espíritus conseguidos en distintos slots. Dos de esos slots serán para los de acción y habilidades, y serán usables mediante los gatillos. Además dispondremos de otros slots para los de equipo, aunque estos últimos son sólo de apoyo. También destacar que podremos tener equipados cuatro juegos de espíritus, o para que se entienda cuatro combinaciones distintas de espíritus simultáneas, para que se ajusten más a nuestras necesidades a cada momento, y se podrá cambiar entre estas combinaciones con el botón select.

En Start tendremos el menú típico de estos juegos, con la hoja de estado de Yoh, otra hoja para los espíritus y una más para el inventario, el cual se regirá por un sistema de peso, es decir que según lo que pese cada objeto, podremos llevar más o menos a la vez (hasta un máximo de 10 objetos). Otro de los menús de los que dispone el juego lo encontramos en cada punto de localización al pulsar Start dónde encontraremos los menús de Yoh antes comentados, el punto de salvar y una útil tienda dónde abastecernos de cara a las fases venideras. El hecho de tener puntos de grabar y tiendas tan a mano le bajan unos puntos a la dificultad del juego.