El juego comienza con la entrada del joven Shinji en NERV, y en principio desde la óptica de Shinji, y más tarde desde la del resto de personajes, nos irá desvelando la trama. Uno de los grandes méritos de este juego es su jugabilidad, ya que en otras ocasiones sólo se habían explorado aspectos muy concretos de la serie, como las batallas o la interacción entre personajes. Shinseiki Evangelions, sin embargo, lo toma todo, dándonos la experiencia completa. No sólo esto, sino que además el modo en el que tomamos control de todos los aspectos de la historia es definitivamente divertido y satisfactorio.

La mayor parte del juego la pasamos asumiendo la identidad del personaje en su mundo. Recorremos escenarios clásicos de la serie, como el apartamento de Misato o la sede de NERV, y en ellos interactuamos con el entorno y los personajes. Los elementos de interacción social en este juego son muy importantes, ya que existe el campo AT (abreviatura de "campo de terror absoluto") que depende de nuestro estado de ánimo y condición física, y tiene una repercusión directa tanto en el combate como en las relaciones sociales. Para mantenernos en forma física, existe un sistema según el cual mantenemos a nuestro personaje, haciendo que vaya a comer, beba, se lave y duerma. Esto influye directamente en nuestro campo AT, pero tambien en nuestras relaciones sociales. Al hablar con el resto de los personajes, tenemos cientos de posibilidades de diálogo, con muchas respuestas, preguntas y reacciones posibles. El modo en que están llevadas a cabo las conversaciones es muy realista y natural. En lugar de estar esperando los personajes a que hablemos con ellos, muchas veces se dirigirán a nosotros, o conversarán sobre un asunto determinado y de repente nos pedirán nuestra opinión... el realismo con el que está reproducida la vida privada de cada personaje llega en algunos momentos a niveles asustantes, si bien en ocasiones hay errores que resultan cómicos (a veces podemos ver cómo recibimos una visita de un compañero de clase por la tarde, y el compañero en cuestión no se va de casa hasta de madrugada). Pero por lo general, esta reproducción de la vida real está muy bien ejecutada y gracias a las variaciones de las conversaciones y la interacción entre personajes nunca llega a ser algo tan aburrido en ocasiones como lo fue Shenmue.

De cuando en cuando, mientras deambulamos por los escenarios de nuestra vida cotidiana, oiremos las sirenas de ataque, y ya sea guiados por el sentido del deber o por gorilas uniformados, acabaremos inevitablemente en NERV, donde Misato nos explicará el plan para acabar con el ángel. Aquí comienzan en general las escenas de combate, que son un extraño híbrido de estrategia en tiempo real y los combates dirigidos por menú de los RPG japoneses. Movemos el EVA del piloto cuyo escenario estemos jugando sobre un mapa, y tenemos que decidir qué curso de acción tomaremos. Los combates están reproducidos con gran fidelidad a la serie, ya que los EVA necesitan una fuente de energía y se mueven siempre con un límite dado por el cable de conexión (o cordón umbilical para los expertos), que deberemos desconectar en algunos momentos, lo que pone un límite de tiempo a nuestros movimientos. Concretamente, sin el cable nos moveremos mucho más rápida y libremente, pero sólo podremos mantenernos en movimiento durante unos segundos (sí, segundos) antes de que nuestro EVA quede inutilizado o reconectemos el cable al siguiente generador. Asímismo, juega en el combate un papel fundamental el campo AT, ya que actúa como una armadura (los ángeles también tienen campo AT) que determina cuántas veces podremos aguantar los ataques del ángel. Los EVA atacan utilizando movimientos y armas extraídos directamente de la serie, así que veremos cuchillos progresivos, rifles anti-AT, fusiles de positrones y movimientos de cuerpo a cuerpo. A lo largo de la batalla sucederán eventos, muchas veces representando los eventos de la propia serie. Tanto al atacar o recibir ataques como cuando se desarrolla uno de estos eventos, veremos una secuencia en 3D completo en la que se representa la acción con gran espectacularidad. El realismo está acentuado por la estética de estas secuencias, que hace creer que estamos viendo una transmisión en directo desde el campo de batalla. En general el nivel de dificultad de las batallas está bastante ajustado, aunque algunas son frustrantes, y nunca son igual de fáciles con un personaje que con otro (seguidores de la serie reconocerán aquí para su contento el concepto de sincronización).

Además, el juego en sí depende mucho de con qué personaje juguemos, ya que mientras que Shinji, Rei o Asuka tienen intervención directa en el combate y es relativamente fácil asegurar la victoria con ellos, Misato tiene el trabajo de estratega y su intervención en el combate se reduce a ocuparse de mantener alto el campo AT de los pilotos. Es relevante destacar que en Shinseiki Evangelions todo sucede en tiempo real, de modo que el resultado general de la jugabilidad es meternos totalmente en el mundo de Evangelion y presentárnoslo del modo más realista habido hasta ahora.

Como podéis ver, Shinseiki Evangelions es un juego complejo, y además largo. Los desarrolladores pueden estar orgullosos de haber hecho la mejor adaptación jugable de los distintos conceptos de la serie que ha habido hasta ahora, dando como resultado un juego que conserva muy bien la esencia de la serie sin necesidad de ser aburrido. Como inconvenientes cabe destacar lo extraño del sistema de combate en principio (jugar desde un mapa no parece la opción más divertida, al comienzo) o la poca variedad de entornos, si bien es verdad que en esto se ciñe al material original.