Transcurridos dos años de la fatídica travesía en la que Yuna intentó derrotar a Sihn, el antaño caótico mundo de Spira se enfrenta a otro desafío. El pueblo de Spira reniega de la religión Yevon, tendiéndole la mano a sus antiguos enemigos, la gente de Al Bhed, y aceptando el uso de maquinaria. La Facción de las Máquinas pretende difundir el uso de las máquinas en Spira, atreviéndose a llamar "machina" a las "máquinas" de siempre para acabar con el estigma.