Kingdom Hearts II tendrá lugar dos años después de los hechos de su predecesor. Tendremos una vez más a Sora como protagonista, al que le acompañarán de nuevo Donald y Goofy, que se ve a si mismo en Twilight Town al principio del juego, donde encontrará un misterioso chico con una camiseta blanca y una llave-espada y un hombre encapuchado de pelo puntiaguro y llevando un chubasquero negro. Se ha revelado, además, que Maléfica y Mickey tendrán un papel fundamental dentro de la historia.