Tras los incidentes en Zanzíbar, Snake es llamado para infiltrarse en Shadow Moses, una base militar en Alaska que ha sido tomada por Fox Hound, un grupo de élite comandado por Liquid que amenaza con usar a Metal Gear Rex para lanzar una cabeza nuclear en cualquier punto del globo. Sin embargo, allí nada es lo que parece... Un clásico entre los clásicos. Las aventuras de Solid Snake vuelven después de muchísimos años, y no podría venir de mejor manera. Uno de los juegos más rompedores de PSOne.