Elsa Weissenger ha mostrado a Gabe Logan las pruebas de que una multinacional ha estado detrás de la conspiración del virus Syphon Filter desde el comienzo. Como Logan sospechaba, Mara Aramove, está relacionada con ellos, pero no sabe ni como ni por qué. Ahora Mara se encuentra desaparecida, y está desarrollando una nueva mutación mortal del virus, el "Omega Strain", que podría causar una catástrofe mundial si cae en manos de los terroristas. Estos están preparando un ataque con el virus sobre Moscú que podría desencadenar la 3ª Guerra Mundial y que supondría el fin para la humanidad. Tu, como uno de los hombres de la nueva agencia de Logan, deberás llevar a cabo con éxito misiones a lo largo de todo el mundo para encontrar y acabar de una vez con el Syphon Filter y librar a la humanidad de este horrible virus ¡para siempre!