La historia de Battles of Prince of Persia se sitúa en el momento entre Prince of Persia: Las Arenas del Tiempo y Prince of Persia: El Alma del Guerrero. El juego se centrará en la figura de Dahaka y de cómo el Príncipe, tratando de defenderse de la terrible criatura, desata un conflicto entre Persia e India al dejar libre a un antiguo ser malvado que ha causado mucha muerte y destrucción. Los jugadores no solo podrán jugar desde la perspectiva del Príncipe, también podrán ponerse en el papel de diferentes generales que tienen distintas.