Ya han pasado cinco meses desde la batalla final con el Dr. Willy. Lan y Megaman regresan como luchadores del sexto nivel y son más maduros para contarnos sus ciber-aventuras y devolver la paz a cada día de su vida. Un cyberbot sospechoso está al acecho en la Net. Esta circunstancia marca el comienzo de una fiera batalla ciberespacial. Dos juegos, cuyo lanzamiento se produce de forma simultánea, que no tienen nada que ver con las anteriores entregas de la serie. El objetivo principal de Megaman Battle Network 4 es la disputa del sistema de torneos. Cada versión contará con diferentes enemigos y aliados, el jugador habrá de escoger cual elegir.