Uno de los títulos que estaban en las quinielas de muchos para este E3 era un nuevo Pikmin para Wii, debido principalmente a que este es un juego que podría beneficiarse mucho de las cualidades del Wii-Mote. Y aunque finalmente el juego no ha estado presente en la feria, Shigeru Miyamoto dio a entender en diversas entrevistas que había un nuevo Pikmin en desarrollo, pero sin confirmarlo directamente.

La confirmación oficial ha llegado gracias a nuevos comentarios por parte de Miyamoto en una de las mesas redondas de desarrolladores durante el E3, en la que afirmó, ya de manera explícita que "estamos haciendo Pikmin", pero sin ofrecer ningún detalle. Tampoco se conoce para qué plataforma está en desarrollo, pero se presupone que Wii podría ser la agraciada.