Aún con las excelentes críticas que Metroid Prime 2: Echoes ha recibido, el juego está "fracasando" en ventas, comparándolo con Metroid Prime en el mismo período navideño .

Metroid Prime 2 Echoes ha vendido desde su salida hasta Diciembre de 2004 unas 470.000 copias en EE.UU., mientras que Metroid Prime vendió en ese mismo período 2002 722.000 copias. Este hecho se agrava sabiendo que la base de usuarios en 2004 es sustancialmente mayor que la de 2002.

Algunos hablan del hecho de que Halo 2, que ha vendido 3,6 millones en Diciembre de 2004 haya podido atraer la atención de los usuarios adultos, y es que el hecho de que Nintendo ahuyente al público más maduro con la temática infantil de sus juegos, en palabras de los analistas, podría haber afectado a Metroid Prime 2

Además Mario Party 6 ha vendido en Diciembre tantas unidades como Metroid Prime 2: Echoes, lo que nos hace preguntarnos si no estará Samus Aran en un sistema equivocado.