Specter, de nuevo, ha puesto a los monos bajo su control y los ha destinado a los platós de televisión de todo el mundo, mientras él preside sus actos desde una sala situada en un lugar extraño acompañado de un hombre bastante estrambótico. La finalidad de enviar ahí a los simios es atontar a toda la raza humana mediante la emisión por la televisión de unas extrañas ondas que atrofian el cerebro, y claro está no podemos dejar las cosas así. Desgraciadamente los cazadores de monos más veteranos: Spike/Kakeru (Ape Escape), Hikaru (Ape Escape 2), así como el Profesor han caído bajo el plan de Specter. Natsumi encomendará pues la misión de salvaguardar el futuro de la humanidad a Satoru y su hermana Sayaka, ¿Lo conseguirán? Ambos seguramente no, puesto que nada más comenzar la aventura se nos permitirá elegir a que héroe queremos encarnar, si al peli-azul Satoru, o a su joven hermana Sayaka.