Bionic Commando comienza justo después de que terroristas defensores del llamado BioReino detonaran un devastador arma experimental en Ascension City, provocando un brutal terremoto que ha aniquilado a toda la población y ha dejado a la ciudad en ruinas. Con la superficie llena de escombros y el espacio aéreo bajo control de los terroristas cuyos objetivos no están aún claros, los Estados Federales de América (FSA) sólo tienen una opción: un asalto encubierto llevado a cabo por el hombre al que ellos mismos sentenciaron a muerte...