El Príncipe de Persia vuelve a casa, a Babilón, acompañada de Kaileena, la enigmática Emperatriz del tiempo y con las heridas de la Isla del Tiempo. Pero en lugar de la paz que anhela, encuentra su reino devastado por la guerra y Kaileena es objeto de un brutal complot. Cuando la Emperatriz es secuestrada, el Príncipe busca su rastro dentro del Palacio y la acaba viendo asesinada a manos de un poderoso enemigo. Su muerte libera las Arenas del Tiempo, que alcanzan al príncipe y amenazan con destruir todo lo que él ama. En las calles, perseguido como un fugitivo, el Príncipe pronto descubre que las Arenas del Tiempo también le han corrompido a él. Brota un Príncipe Oscuro mortal cuyo espíritu le posee lentamente.