Kiryu Kazuma, protagonista del primer Yakuza, ha sido nombrado presidente del Clan Tojo pero, sorprendentemente, rompe sus lazos con la Yakuza el mismo día de su nombramiento. El asesinato de su sucesor, a manos del antiguo clan aliado Omi, desencadenará los acontecimientos que llevarán a Kazuma a viajar por todo Japón en la que puede ser su última oportunidad de evitar una devastadora guerra entre clanes.