Sin embargo, estas personas asesinadas no son tales, son meras apariciones físicas de la mente enajenada de Eddie. De esta forma, se podría decir que, antes de que Eddie las proyectase, estos seres que tanto se burlan de él no existían. Aquí entra el papel de James. James mató a su mujer, y de esta forma se ve obligado a luchar contra seres de aspecto femenino, además de su propia proyección freudiana, cabeza de pirámide (esto lo trataremos más adelante). Silent Hill, o mejor dicho su subconsciente, proyecta para él la imágen de María, una mujer similar a su mujer, pero mucho más desatada en el sentido sexual, y mucho más viva. En fin, María es el líbido de James, y no una mujer real, sinó otro de los demonios que pueblan la zona. Y María deberá morir varias veces, de forma que James se verá forzado a ver morir a su mujer una y otra vez. La pregunta ahora es, ¿cómo es posible, si cada uno tiene su infierno particular, que James vea a las víctimas de Eddie? Una explicación para esto es que ambas infrarealidades se interpolan o fusionan entre ellas en determinados puntos, llevando a James a ver cuerpos humanos y a Eddie a ver monstruos extraños con forma de mujer. La respuesta a porque Eddie vomitaba en el lavabo es sencilla: El cuerpo que decubre James en los apartamentos es la primera víctima de Eddie, y la emoción de este al matar ha sido tal que le ha llevado al retrete a echar la papilla.

El resto de la historia la conoce cualquiera que haya jugado al juego. James debe recorrer varias localizaciones de Silent Hill para llegar al hotel, y como he dicho antes, ver morir a su compañera María a manos de cabeza de pirámide dos veces (Y otra vez la ve muerta, sin saber el porqué). La relación que James mantiene con Laura es extraña, sin embargo. Laura llegó a Silent Hill porque Mary le había hablado del lugar, pero Laura, en tanto y que es un niña relativamente inocente y sin pecados, es incapaz de ver monstruos. Bueno, existe una teoría que defiende que Laura es en realidad otro de los demonios que usa Samael para jugar con James, y sin embargo esta teoría no acaba de sostenerse, dado que el papel de Laura no es hacer sufrir a James, como sería el de María. ¿Quizá un ángel enviado por Metatron, dios enemigo de Samael? La realidad es que el juego no nos lo dice, sin embargo cabe preguntarse que hace una niña tan pequeña llegando por su propia mano a un pueblo abandonado. ¿Quienes son sus padres? ¿Cómo ha llegado? Quizá es una huérfana que ha huído del orfanato, y esta idea se puede comprobar en el final "Leave".

La cuestión es que en el hotel, Laura le explica a James que su mujer no lleva tres años muerta, sino apenas una semana. Esto confunde al jugador, que no sabe todavía quién asesinó realmente a Mary. Se puede interpretar que el shock de James al matar a Mary no solamente le hizo olvidar lo sucedido, sinó que creó en él la sensación de que habían pasado tres años desde el fallecimiento de ella, lo que explicaría por qué Laura dice que estuvo en el hospital con Mary "el año pasado". La razón de que sean tres años la encontramos en la cinta que escucha James en el hotel, en el cual el doctor asegura que a Mary le quedan como máximo tres años antes de que fallezca.

El resto de la historia la conocemos bien. Tras visualizar la cinta de vídeo (grabada desde un ángulo imposible, lo que deja claro que la imagen la formó Samael) James reconoce ser un asesino, y debe ir a donde le espera una imagen de Mary, que es en realidad María, la cual se transforma en demonio y lo ataca. La forma que adopta María en este combate final es la de un cuerpo encerrado en una jaula de torturas, que nos recuerda bastante a las víctimas del verdugo cabeza de pirámide que aparecen en el cuadro de Silent Hill Historical Society. Eso nos sirve para confirmar que cabeza de pirámide es el reflejo freudiano de James, si bien este tema será tratado posteriormente. Una vez vencido al enemigo, tenemos diferentes finales posibles, que serán analizados más adelante.