La historia de Blue Dragon se centrará en Shu, el personaje principal del juego, y en su grupo de amigos, Jiro, un joven intelectual, Kluke, una chica con mucho genio, Marumaro y Zora. El malo de turno será un anciano llamado Nene que está intentando destruir el mundo para recuperar unas habilidades mágicas que le fueron arrebatadas, por lo que nuestro objetivo en el juego será parar los malvados planes de éste.