Existen varias zonas ocultas en el mapa del mundo, que puedes encontrar seleccionando las coordenadas correspondientes cuando te encuentres a bordo de la nave voladora. Mueve el cursor hasta las coordenadas que se te indican y presiona X para acceder a esa región:
| Lugar | Eje X | Eje Y |
| Templo Baaj | 11-16 | 57-63 |
| Desierto de Sanubia | 12-16 | 41-45 |
| Cataras de Besaid | 29-32 | 73-76 |
| Ruinas de Mi´ihen | 33-36 | 55-60 |
| Zona de combate | 39-43 | 55-60 |
| Ruinas Omega | 69-75 | 33-38 |
Asimismo, si en la lista de comandos de la nave utilizas algunos de los siguientes códigos, accederás a otras zonas ocultas:
- MANODEDIOS
- VICTORIOSA
- MURASAME
