El argumento de "Halo 2" arranca donde terminaron los acontecimientos de su primera entrega. El Jefe Maestro, con la ayuda de un pequeño grupo de marines, ha destruido el artefacto religioso y mundo artificial conocido como Halo. De vuelta a la tierra, tendrá que embarcarse en una lucha titánica contra la armada de los Covenant, con la colaboración de los pocos supervivientes de las fuerzas terrestres.