Ambientado en el futurista mundo de Neo Arcadia un lugar utópico creado para humanos y robots. Este tercer capítulo prosigue con la aventuras del superhéroe Zero y el grupo de resistencia, una organización de lucha por la paz. Pero nada en el universo Mega Man es fácil , Zero habrá de enfrentarse al malvado Raploid Omega, que planea una estrategia para poner en marcha al Elfo Oscuro con el fin de obtener todo el poder sobre Neo Arcadia Zero será el encargado de entabla la lucha por salvar Arcadia junto a sus aliados.