En época de guerra, los tres principales planetas del sistema Gurhal se enfrentaron entre sí para ver cual era la más fuerte ya que entre ellas había grandes diferencias de cultura y tradiciones, pero una alianza militar llamada "Guardians Colony" consiguió acabar la guerra poniendo en común las riquezas de las mismas. 100 años después de este incidente, en Gurhal se preparan para celebrar por todo lo alto que gracias a hazañas pasadas ahora reina la paz. Pero mientras están haciendo los preparativos para la celebración unos meteoritos caen de pronto destruyendo todo lo que encuentran a su paso. La alianza "Guardians Colony" investiga lo ocurrido y parece ser que no es un accidente, sino un ataque de los SEED, una raza de alienígenas que con su ataque convierte a casi todo ser vivo del planeta en terribles monstruos. Ethan Waber, miembro de la alianza y protagonista de esta historia, se percata de que su hermana Lumia ha desaparecido y se dispone a encontrarla y ponerla a salvo.